Бессмертие души Декарт тоже связывает с тезисом о том, что всякое тело есть механизм, не более; тем самым и Бог, и человек, обладающий разумной бессмертной душой, выносятся за пределы природного мира и ставятся над ним в качестве Великого и Малого Творцов.

Такова подоплека декартовского учения о двух противоположных субстанциях - духовной и материальной. Первая открыта нам непосредственно, вторую мы узнаем опосредованно. Декарт определяет субстанцию как вещь, которая не нуждается для своего существования ни в чем, кроме самой себя. Если строго исходить из этого определения, то понятие субстанции можно отнести только к Богу; что же касается вещей мыслящих или протяженных, то они сотворены Богом, а "нет ничего сотворенного, что могло бы просуществовать хотя бы мгновение, не будучи поддерживаемо и хранимо его могуществом". Таким образом, Декарт сам признает, что к творению понятие субстанции можно применить лишь условно, с целью отличить среди сотворенных вещей те, которые для своего существования нуждаются "лишь в обычном содействии Бога", от тех, которые для этого нуждаются в содействии других творений, а потому носят название качеств и атрибутов, а не субстанций.

Как раз в этом пункте, где у Декарта возникает некоторая неопределенность, его понятия были уточнены, с одной стороны, окказионалистами, а с другой - Спинозой. У последнего мышление и протяжение носят имя не субстанций, а атрибутов, и таким образом преодолевается неоднозначность декартовского определения субстанции, снимается тот на первый взгляд резкий дуализм, который входит в философию вместе с учением о двух субстанциях. Однако в строгом смысле слова дуализма нет и у самого Декарта: связь между субстанциями обеспечивается Богом, Творцом обеих, и именно эта связь делает возможным познание телесной субстанции со стороны субстанции духовной.

Главное определение духовной субстанции - ее неделимость; важнейший признак телесной - делимость до бесконечности. Здесь Декарт, как нетрудно видеть, воспроизводит античное понимание духовного и материального начал, понимание, которое в основном унаследовало и средневековье. Таким образом, основные атрибуты субстанций - это мышление и протяжение, остальные их атрибуты производны от этих первых: воображение, чувство, желание - модусы мышления; фигура, положение, движение - модусы протяжения.

Нематериальная субстанция имеет в себе, согласно Декарту, идеи о некоторых вещах. Эти идеи присущи ей изначально, а не приобретены в опыте, а потому их стали называть врожденными, хотя сам Декарт чаще говорит о том, что они вложены в нас Творцом. Прежде всего к ним относится идея Бога как существа всесовершенного, затем идеи чисел и фигур, а также некоторые общие понятия, как, например, известная аксиома: "Если к равным величинам прибавить равные, то получаемые при этом итоги будут равны между собой" или положение: "Из ничего ничего не происходит". Это - вечные истины, "пребывающие в нашей душе и называемые общим понятием, или аксиомой. Подобным же образом, - продолжает Декарт, - говорят, что невозможно, чтобы одно и то же одновременно и было и не было, что сделанное не может быть не сделанным, что тот, кто мыслит, не может не быть или не существовать, пока мыслит, и бесчисленное множество подобных положений". Эти идеи и истины, вероятно, рассматриваются Декартом как воплощение естественного света разума; они-то и составляют содержание мыслящей субстанции. Со времени Декарта начинается полемика вокруг вопроса о способе существования, о характере и об источнике этих самых врожденных идей, полемика, продолжавшаяся более полутора столетий.

Что же представляет собой протяженная субстанция, с которой, в сущности, Декарт отождествил природу? В протяженной субстанции, по Декарту, мы можем мыслить ясно и отчетливо только ее величину (которая тождественна с самим протяжением), фигуру, движение, расположение ее частей; а значит, именно эти свойства и составляют реальность протяженной субстанции. Под движением Декарт понимает только движение перемещения - "ибо философы, предполагая некоторые иные движения, отличные от этого, затемнили его истинную природу". Под "иными движениями" Декарт разумеет качественные изменения, рост и уменьшение (т.е. изменения количественные) и, наконец, возникновение и уничтожение - все эти превращения в аристотелевской научной программе считались видами движения. Но что касается таких свойств телесных вещей, как цвет, вкус, запах и т.п., то относительно них у нас нет ясного и отчетливого познания, - напротив, все эти идеи смутны и неотчетливы. "Ибо хотя мы, - пишет Декарт, - видя какое-либо тело, не менее уверены в его существовании, воспринимая в этом случае его цвет, чем воспринимая ограничивающие его очертания, однако несомненно, что мы совсем иначе познаем то его свойство, на основании которого говорим, что тело скорее имеет фигуру, чем то, которое заставляет нас видеть его окрашенным".