Особые качества субстанций рассматриваются как следствия, то есть качества выводятся из субстанции, но как может субстанция стать причиной, то есть производить нечто отличное от самое себя? То, что находится за пределами всех положительных и конкретных качеств, является для нашего мышления лишенным всякого содержания. Это – неизвестное х, предполагаемое "я не знаю что", лежащее по ту сторону всех качеств. Глубоко вкоренившаяся в нас традиция мышления склоняет нас к мысли придать большую реальность субстанции, нежели качествам. Вайшешиковские субстанции представляют собой неизвестный субстрат, ответственный за качества опыта, результат возможных спекуляций, но не научное наблюдение. Но вайшешика считает также, что вещь утратила бы свою природу, если бы она потеряла свои качества. Считается, что отношение между субстанцией и качеством будет одним из отношений самавайи, то есть одно не может существовать без другого238.

Шанкара критирует такой взгляд на отношения между субстанцией и качеством. Если они неразрывно связаны, то неразрывность должна быть введена в отношения места, времени или природы. Они не являются неотделимыми по месту, ибо тогда, например, ткань, вытканная из нитей, занимает место только нитей, а не ткани, в то время как качества ткани, такие, как ее цвет, занимают место как раз ткани, а не нитей239. Если сущностью отношения самавайи является неразрывность во времени, то например, правый и левый рога коровы находились бы именно в таких отношениях. Если это неразрывность в природе или характере, то стало бы невозможно делать дальнейшие различия между субстанцией и качеством, поскольку эти два суть одно240.

Если субстанция зависит от своих качеств, тогда она не является действительно независимой. Субстанция не только объединяется со своим качеством отношением самавайи, но все субстанции объединяются общим понятием субстантивности, а отделение субстанции таким же способом объединяется понятием своего собственного класса241. Мы не воспринимаем субстанцию отдельно от качеств, а допущение чего-то такого, что оставалось бы неизменным при изменении качеств, является алогичным242. Если мы примем нашу установку на качества, которые изменяются, тогда не может быть никакой постоянной субстанции. Лист, который сегодня зелен и полон соков, завтра начнет увядать и желтеть, а послезавтра высохнет и почернеет. Мы не можем сказать, какое качество листа является постоянным. Вся история философии доказывает, что подспудная подоплека вещи является непроницаемой тайной243. Мы никогда не сможем понять, что такое субстанция вне связи ее с ее качествами и поведением. В мире жизненного опыта мы обязаны применять категории субстанции и качества, хотя существование нельзя свести к качествам, а кроме того, субстанция, как считает вайшешика, ничего собой не представляет отдельно от своих качеств. Мы можем определить субстанцию только по ее качествам. Мы можем различать вещи по их различным свойствам. Мы только до тех пор говорим о субстанции как об одном и том же в разное время, пока она сохраняет те же самые свойства. Когда мы находим различные качественные группы, мы говорим, что имеем дело с различными вещами. Субстанция относится к стабильным элементам нашего жизненного опыта. Души и атомы, пространство, время, акаша и манас относятся к постоянным факторам нашего жизненного опыта.

Вайшешика старается охватить все аспекты жизненного опыта и включить их в общую схему. Видимый мир имеет базис, не зависящий от воспринимающего. Отношения являются реальными в том смысле, что они не создаются в мозгу человека. Вайшешика не думает, что опыт приходит к нам как простое многообразие. Он обосновывается законами, которые не просто навязаны ему. Категории качества, действия, общности, особенности и присущности являются зависимыми (ашрита), а субстанция представляет собой независимую сущность, от которой они все зависят (ашрая). Субстанции являются абсолютно самостоятельными. Вечные субстанции, которые причинны, не есть истинные субстанции. Теория девяти субстанций становится центральным тезисом плюрализма вайшешики. Эти девять вечных субстанций будут тем, что профессор Уайтхед называет научными объектами в отличие от перцептивных объектов и данных ощущений. Их значение состоит в том, что они объясняют и систематизируют данные восприятия, делают воспринимаемую чувствами природу более понятной. Натуралистический уклон привел мыслителей вайшешики к взгляду на жизненный опыт как на постоянно меняющуюся фантасмагорию, требующую объяснения извне. Они рассматривают объекты опыта как тень, отбрасываемую на экран находящейся за ним субстанцией. Тени, отбрасываемые на экран нашего мозга скрывающимися позади субстанциями, есть метафизическое допущение, для которого здесь нет оправдания Нам нет необходимости уходить за пределы жизненного опыта и допускать непознаваемые вещи в себе. Вайшешика требует от нас лояльности к освобождению эмпирического сознания, которое, как говорят, имеет дело от начала до конца с реальными и отдельными вещами, но это само по себе уходит за пределы свидетельства сознания, если сознание смотрит на мир опыта как на род экрана, поставленного между ними и невоспринимаемыми реальностями.