Хотя это постулирование тождества вещей самим себе само позволяет ввести в мир как единое, так и множественное начала, однако оба эти начала необходимо мыслятся как существующие бок о бок, но не становящиеся целым. Вайшешика не доверяет концепции познания как организованного целого, которое, однако, подразумевается ее же теорией отрицания.

Вайшешика указывает, что в жизненном опыте содержатся вещи и отношения. Субстанция, качество и действие существуют в самих себе так же, как каждое из них друг в друге, и они связываются рядом отношений, именуемых саманьей, или общей природой, вишешей, или специфическими чертами, и самавайей, или неразрывной связью. Каждая субстанция имеет общее качество и специфическую особенность, которые связываются между собой отношением самавайи. Утверждение реальности отношений является главной необходимостью для всякой мало-мальски удовлетворительной плюралистической метафизики. Если отношения нереальны, тогда в мире может быть только одна субстанция, именуемая Абсолютом, или же мир тогда будет состоять из монад независимых абсолютов, которые не родственны друг другу и никогда не могут состоять в родстве.

Слабым звеном в системе вайшешика является теория самавайи. Мы не можем смотреть на самаваю как на связь между двумя отдельными вещами и все еще рассматриваем ее как особый вид саньйоги, или соединения. Если самавая отличается от саньйоги, тогда целое будет чем-то таким, что дополняет части. Концепция мира как систематизированного целого, с элементами, находящимися во взаимоотношениях, является выводом как из вайшешиковской теории самавайи, так и из ее теории отрицания. Таким образом, плюрализм вайшешики не является полным.

Отличие саманьи (общности) от вишеши (особенности) – это различие между качествами субстанции. Что является природой вишеши, или особенности? Совершенно правильно, что мы исходим при этом из индивидов, рассматриваемых в обычных условиях жизни. Но мы не можем дать удовлетворительного определения, что такое особенность. Что представляет собой то, что делает вещь особенной? Все, что мы знаем о вещи, это ряд ее качеств и то, как она себя ведет. Уникальность не поддается определению – более того, она кажется неисчерпаемой. Кажется, что индивидуальность так же как небытие является просто предположением. Возьмем индивидуальную душу. Есть ли в ней что-либо не подверженное изменениям? Если ее индивидуальностью является то, что изменяется на протяжении истории ее жизни, значит, она способна к изменениям. Если она представляет собой неизменяемую сущность, тогда мы не знаем, что это такое. Если мы обратимся к фактам, то нам не дают "синее", но всегда "какое-то синее", "синее" определенного сорта, не универсальное само по себе, не определенное, и только одно оно и является синим. Мы не знаем, как их объединить, чтобы получить уникальную особенность. В конце концов, мы даже не можем определить, что мы понимаем под уникальностью. Хотя теория вишеши, или особенности, не подтверждается логическим свидетельством, эмпирический предрассудок толкает нас к признанию у индивидуальности уникальной неразрушимой сущности. Индивидуальность бесчисленных элементов и душ разрушает индивидуальность целого, и, значит, если концепция организованного целого, подразумевающаяся взглядом вайшишики на отрицание и самавайю, поддерживается, то доктрина об индивидуальностях должна быть пересмотрена234.

Общее понятие представляет собой обычное свойство, которое считается существующим в субстанциях, качествах и действиях независимо от воспринимающего разума и которое рассматривается как вечное в вечных субстанциях и как невечное в невечных. Если универсальное и индивидуальное одинаково реальны и если наши научные обобщения рассматриваются как имеющие дело с этими сущностями, навечно закрепленными в законе природы, тогда должно существовать и универсальное, соответствующее всем мыслимым сущностям, таким, как добро, зло, безразличие. Однако таких универсальностей не существует. Под влиянием формальной логики, которая стремится сделать мышление статическим, ньяя-вайшешика делает упор на сущности, ее качествах и различиях. Ничто не может и существовать и не существовать в одно и то же время. Таков закон противоположности, и в силу этого закона вещи делятся на классы, которые, как полагали, были одними и теми же с тех пор, как начал существовать мир, и останутся теми же до тех пор, пока мир не перестанет существовать. Теория эволюции Дарвина подорвала веру в неизменность видов. В результате естественного отбора один вид, накапливая индивидуальные различия, переходит в другой. В результате процесса эволюции, происходившего на протяжении миллионов лет, классы стали тем, чем они являются сейчас. Классы в высшей степени изменчивы и даже сейчас имеют тенденцию незаметно переходить один в другой. Менделевская наследственность может вывести природу лошади за пределы, в которых определяется тождество. Так называемые универсальности являются не неизменными самодовлеющими типами, но стадиями роста и развития, приспособленными к изменяющимся условиям среды Когда классы расплывчаты, у того логика, который жонглирует типами и сущностями.