Шанкара выставляет против теории ньяйи несколько возражений. Так как всякая душа вездесуща, то манас, соединенный с одной душой, должен быть соединен и со всеми душами, в результате чего все души должны были бы иметь один и тот же опыт. Так как души являются всепроникающими, они должны быть также и во всех телах. Множество всепроникающих душ должно занимать одно и то же место466. Если сознание есть результат воздействия я на манас, который является материальным по своей природе, тогда душу следует рассматривать как имеющую характер сознания, так как произвести материальное явление могут только два входящих в контакт между собой материальных тела. Если же мы хотим избежать обвинения в материализме, который превращает интеллект в не имеющий цели результат беспорядочного движения атомов или электронов, то мы должны признать независимость сознания. Душа должна рассматриваться как вечно деятельный дух, хотя мы можем и не знать о его деятельности. Не память и знание, а забывчивость и ошибки нуждаются в объяснении.

Если мы различаем душу и тело, мы должны опираться на идею адришты, или декартовского deus ex machina, для того чтобы объяснить их взаимодействие. Согласно ньяйе, душа есть вибху, или всепроникающая; она находится всегда в контакте с манасом, а познание возникает, когда манас вступает в контакт с органами чувств. Манас связан, с одной стороны, с органами чувств и, с другой стороны, с душой. Его способность делать это является тайной, которую наяйик разрешает при помощи апелляции к могуществу бога.

Ньяя рассматривает душу и тело не только как нечто отличное друг от друга, но и как координированное друг с другом. Она принимает теорию отделимой души, обитающей в теле, которое должно определяться в терминах материализма. В человеческом организме душа и тело не могут рассматриваться как равные по рангу. Не являются они также и исключающими друг друга. Душа не есть некий внешний придаток к машине тела. Наяйик верит в более органическую связь между духовным и физическим аспектами человеческой природы467. Согласно теории, защищаемой ньяйей и вайшешикой, материя есть средство и инструмент выражения идеальных целей. В духе больше значения, ценности, а следовательно, и реальности, чем в материи. На различие между душой и телом следует смотреть как на различие между высшим и низшим уровнями опыта.

Наяйик отдает себе отчет в том, что сознание есть основа и prius всякого опыта. Оно не есть факт среди других фактов, как солнце или земля, но необходимая основа для соотнесения всех фактов. Буддхи, вместо того чтобы быть простым качеством, создаваемым в я воздействием внешних объектов, становится необходимой основой всякого опыта. Аннам Бхатта определяет буддхи как "условие всякого опыта (сарвавьявахарахетух)468. Шивадитья определяет буддхи как "просвещающее начало, принадлежащее душе"469, которое комментатор Джинавардхана разъясняет более определенно как начало, "имеющее природу света, так как оно рассеивает тьму невежества и освещает все объекты"470. То, что является первичным по отношению к опыту, не может быть получено из опыта. В то время как определенные идеи и убеждения могут быть следствиями условий среды, эти последние сами по себе не могут объяснить идеи и убеждения без основы, которой является сознание. Буддхи, по определению ньяйн, имеет субъективную природу471. Буддхи есть не временная фаза, а существенная природа субъекта, который никогда не может стать объектом, всеобщее сознание, без которого невозможны ни конечные индивидуумы, ни объекты.

Если сознание есть основа всякого опыта, основная реальность, в сферу которой попадают конечные я и объекты, которые эти я сознают, тогда оно является чем-то большим, чем конечное. Индивидуальный субъект и объект являются только отдельными, вечно изменяющимися фазами бесконечного. Я, которое ньяя признает, чтобы объяснить синтез многообразия жизненного опыта, имеет природу сознания, которое делает возможным всякий опыт. Мы не можем назвать его субстанцией, так как это значило бы пользоваться концепциями, действительными только в мире опыта, зная при том, что самый мир опыта возможен только благодаря наличию этого постоянного сознания. Если же мы включим в данный опыт тот опыт, который является по отношению к данному высшим и в то же время организует его, тогда я становится только мыслящей субстанцией наряду с другими вещами, находящимися вне его.

Должно быть проведено различие между я как чистым сознанием, общим для всех индивидуумов, и конечными я, которым свойственно исторически преходящее существование. Я наяйиков есть нечто растущее, пластическое и имеющее историю. Их аргументы, что все то, что имеет начало, будет иметь и конец, что все сложное подвержено распаду и смерти и что простое никаким образом не может распасться или разрушиться, доказывают вечный характер чистого я, а не вечность исторических душ. Эти последние имеют цели и идеалы, которые определяют их реакции на условия жизни. Подверженность конечного индивидуума специфическим эмоциям и чувствительность его к препятствиям, мешающим его деятельности, исторически обусловлены.