Каждое явление занимает определенное пространственное положение, то есть происходит где-то, имеет историю, то есть протекает в какое-то время, но эти свойства пространства и времени не исчерпывают природу явлений. Все, что мы знаем, это то, что тела одновременно занимают несколько позиций, поэтому мы говорим, что они обладают пространственной протяженностью и размером. Строго говоря, мы не знаем ни универсальной материи, ни невидимых атомов, а только одни тела. Телом обычно считается то, что движется. Это порция материи, которая поддерживает естественное положение своих частей неизменным, в то время как их отношение к другим позициям меняется. Пространственная единица имеет определенные незыблемые границы, и ее тождество считается неизменным до тех пор, пока сохраняется эта независимость внешних и внутренних отношений. То, что мы называем вещью, или телом, есть участок пространства, отмеченный какой-то спецификой того, что остается неизменным во времени. В комплексе, данном нам в опыте, мы различаем то, что занимает пространство и время, от самих пространства и времени. Материя есть нечто, что заполняет пространственно-временной каркас244. Вайшешика не сочувствует стремлениям буддистов, как и стремлениям некоторых неореалистов, таких, как Александер и Рассел, выводить происхождение индивидуального из универсального, реальные вещи из их связей, границ из их отношений и материю из соединения пространства и времени. Мы не можем иметь движения без наличия вещей, которые движутся. Вайшешика считает атом реальной сущностью, а не простым предельным понятием. По взглядам вайшешики, атомы обладают качествами цвета и т.д., а Шанкара утверждает, что все, что имеет цвет, не может быть мельчайшим (ану) и вечным (питья). Исходя из опыта, можно установить, что вещи, обладающие цветом и т.д., обладают массой и не являются стабильными245. Если отсутствие восприятия является показателем стабильности, тогда даже диады, которые слишком малы для восприятия, должны считаться стабильными246. Если требуется что-то вечное как основа вселенной, то это, конечно, будут не атомы247. В разнообразии атомов ищут объяснения определенности мира. Но всецело внешние и случайные отношения не могут объяснить определенный характер мира. Теория взаимного превращения материи в ее различных состояниях противоречит гипотезе неизменности атомов. В то время как обычный нерассуждающий опыт разбивает мир на куски, где все различно, если не отдельно, небольшое размышление говорит нам, что вещи переходят одна в другую. Существует такое явление, как становление, эволюция или развитие. Не множественность типов является истинной вещей, а лишь универсальная природа. Эмпирическая тенденция вайшешики должна ее привести к замене идеи бытия идеей становления. Если одна вещь производит на нас большее впечатление, чем другая, это означает единство природы и фундаментальное единство происхождения всех классов "атомов". Идея развития подразумевает, что ничего – это нечто большее, чем любая из форм, в которой она проявляется. Действительность, как она нам представляется, по своему характеру не является атомистической, но, по-видимому, она есть вещество, в котором квалификативно различные аспекты вплавляются один в другой. Шанкара говорит, что различные элементы суть различные условия одного вещества: земля – твердое вещество, вода – жидкое, свет – еще более жидкое, а воздух – самое жидкое из всех248. Атомы, соответствующие четырем элементам, не могут признаваться как имеющие большее и меньшее число качеств просто потому, что земля имеет четыре качества – запах, вкус. цвет и то, что вызывает осязание; вода три – цвет, вкус, и то, что вызывает осязание, т.д. Кроме того, говорят, что все атомы не могут иметь все качества. Если они имеют только одно качество, тогда мы не можем воспринимать вкус земли или цвет воды, поскольку качества следствий имеют своими предшественниками качества причин249. Безмерность отдельных атомов не может произвести гармоничную вселенную. Чтобы обойти это затруднение, было изобретено таинственное, непостижимое отношение самавайи. Диады, которые происходят от двух атомов, считаются отличающимися от них, хотя они связаны с ними посредством присущности.

Атомы представляют собой неизменные факторы в течении событий. В природе имеется непреходящее. В нашем жизненном опыте имеется несколько постоянных величин, которые мы соотносим с субстанциями. Субстанции, как мы уже видели, это наименования для способа, каким ведут себя вещи. Несмотря на изменяющийся характер, наш жизненный опыт имеет несколько постоянных характеристик. Вывод, который, можно считать, навязан нам опытом, состоит в том, что начало природы есть нечто вечно изменяющееся, но в то же время и вечно остающееся постоянным. Единственным полезным для философии предположением, которое мы берем из атомистической теории, является то, что действительность есть то, что существует в себе и для себя. В конкретном идеализме только одно целое имеет такую действительность, потому что индивидуальность частей означала бы разрушение индивидуальности целого.