Бурное время требовало сильной власти. Михаил Палеолог сумел воспользоваться обстоятельствами и в 1259 году был коронован в императоры.

Главная внешняя опасность для балканских владений Никейской империи грозила со стороны Эпирского деспота, которому удалось создать против империи союз из деспотата, Сицилийского короля, родственника деспота и побочного сына Фридриха II Манфреда, и Ахайского князя Вильгельма Виллардуэна. После ряда успешных военных действий Михаила Палеолога против коалиции решительная битва произошла в 1259 году в западной Македонии, на равнине Пелагонии, около города Кастории. В войске Михаила, кроме греков, участвовали турки, куманы, славяне. Пелагонийское, или Касторийское, сражение закончилось полным поражением союзников. Ахайский князь попал в плен. Хорошо вооруженное войско западных рыцарей бежало перед легко вооруженными вифинскими, славянскими и восточными отрядами. «Может быть, – читаем мы в одном из новейших трудов по истории Никейской империи, – случилось в первый раз, что турки сражались против греков на греческой земле и в данном случае на греческой службе». Современник сражения, Георгий Акрополит, дает такую оценку этой битве: «Наши при посредстве императорских советов одержали столь великую победу, что слава о ней обошла все концы земли: немного таких побед видело солнце». Михаил Палеолог по поводу этого сражения восклицает: «Вместе с ними [[2] - то есть с ромейскими изменниками, в данном случае с эпирским деспотом] и их союзниками, имевшими при себе вождя в виде князя Ахайского, кого я победил? Аламанов, сицилийцев, итальянцев, пришедших из Апулии, из страны япигов и Брундузия, из Вифиния, Эвбеи и Пелопоннеса».

Сражение при Кастории имело решающее значение для восстановления Византийской империи. Владения Эпирского деспота были сведены к его родовым владениям в Эпире. Латинская империя не могла полагаться на потерпевшее поражение Ахайское княжество, тем более, что во главе ее стоял слабый и безвольный Балдуин II.

Между тем, чтобы еще более обеспечить себе успех окончательного удара по Константинополю, Михаил Палеолог заключил договор с генуэзцами. Торговые интересы Генуи и Венеции сталкивались на Востоке повсюду. После четвертого Крестового похода и основания Латинской империи Венеция, как известно, стала исключительной торговой силой в латинских владениях Востока, с чем Генуя примириться никак не могла. Зная это, Михаил вступил в соглашение с генуэзцами, которые хотя и знали, что соглашение их со схизматическими греками вызовет суровое осуждение папы и Запада вообще, тем не менее были настолько охвачены желанием вытеснить венецианских соперников с Востока, что пренебрегли этим и заключили договор с Михаилом.

В марте 1261 года, в Нимфее был подписан весьма важный договор, который гарантировал генуэзцам торговое господство в Леванте, которым так долго пользовались венецианцы. Это был на деле оборонительный и наступательный союз против Венеции. Свободная торговля была навсегда гарантирована генуэзцам во всех настоящих и будущих провинциях империи. Договор содержал весьма важные привилегии генуэзцам в Константинополе и на островах Крит и Эвбея, если Михаил, «благодаря милости Божьей» сможет их отвоевать. «Смирна, прекрасный город для торговли, имеющий морской порт и изобилие во всем» был отдан под прямой и неограниченный контроль генуэзцев. Торговые центры с церквями и представительствами были открыты на островах Хиос и Лесбос и в некоторых других местах. Черное море (majus mare) было закрыто для всех иностранных торговцев, кроме генуэзцев и пизанцев, преданных подданных Михаила. Со своей стороны, генуэзцы брали на себя обязательство обеспечить подданным императора свободу торговли, поддерживать их флот при том условии, что корабли не будут направлены против папы и друзей Генуи. Генуэзский флот играл большую роль в планах Михаила по завоеванию Константинополя. Договор был ратифицирован в Генуе за несколько дней до того, как Константинополь был завоеван войсками Михаила. Это была блистательная победа для Генуи, которая после побед Саладина в Сирии понесла тяжелые потери. Это была новая страница ее экономической истории. «Мощь колониальной жизни XIII века представляет собой разительный контраст с нерешительным и застойным характером аналогичных явлений в веке двенадцатом. Причину этого явления следует искать в большем опыте, лучшей организации и особенно в поразительном развитии торговли».

25 июля 1261 г., не произведя ни единого выстрела, отряды Михаила вошли в Константинополь. Сам Михаил был в это время в Малой Азии, где он и узнал новость о том, что Константинополь взят. Он немедленно отправился в путь и в начале августа вошел в город, приветствуемый радостными возгласами населения. Вскоре была осуществлена его вторичная коронация в соборе Св.