Прежнее областное или фемное устройство империи, будучи нарушено латинским владычеством, не могло правильно функционировать при Палеологах. Для областного управления прежнего типа империя не имела достаточно территории. Прежний титул наместника фемы стратигполностью исчез при Комнинах и был заменен на более скромный титул дуки (дукса).Термин «фема» иногда употреблялся современными исследователями для провинций Македония и Фессалия в XIV веке. Однако, провинция, отделенная от столицы турецкими и сербскими владениями, становилась своего рода деспотатом, правитель которого был почти независим от центральной власти. Обычно во главе такого нового государственного образования стоял один из членов императорской семьи. Так, в конце XIV века Фессалоника получила в качестве деспота одного из сыновей Иоанна V. Морейский деспотат также управлялся сыновьями или братьями императора.

Социальные отношения между высшими и низшими классами были при Палеологах весьма напряженными. Сельское хозяйство, всегда составлявшее реальную основу экономического благополучия империи, было в упадке. Многие плодородные провинции были утрачены, остаток был разорен почти непрекращающимися гражданскими войнами и фатальным по своему характеру продвижением каталонских отрядов. В Малой Азии экономическое процветание пограничных поселенцев (акритов), также базирововавшееся на сельском хозяйстве, было подорвано репрессивными мерами Михаила VIII и победоносным продвижением турок.

Отличительной чертой эпохи Палеологов было крупное землевладение. Разоренные крестьяне были во власти хозяев. Значительное количество греков стало крупными земельными собственниками в Фессалии после 1261 года. В западной части Фессалии, которая была захвачена Эпирским деспотатом, и в северо-восточной части, которая принадлежала византийскому императору, богатые землевладельцы играли существеннейшую роль во всех сторонах жизни и устанавливали феодальные отношения с мелкими собственниками. Однако, вследствие каталонских опустошений в начале XIV века и вторжений албанцев, система землевладения в Фессалии пришла в хаотическое состояние. Большое количество албанцев стало крупными земельными собственниками. Некоторое улучшение наступило тогда, когда в 1348 году сербский король Стефан Душан овладел Фессалией. В некоторых горных районах Фессалии можно было найти следы индивидуальной крестьянской земельной собственности и свободных крестьянских общин.

У Мазариса можно найти интересную информацию о могуществе и высокомерии крупных земельных собственников (архонтов) в Пелопоннесе. Автор предшествующего периода, Иоанн Кантакузен, писал, что внутренний упадок Пелопоннеса объясняется не вторжением турок или латинян, но внутренней борьбой, которая сделала из «Пелопоннеса большую пустыню, чем Скифия». Когда Мануил, сын Иоанна V, был назначен деспотом Мореи, он более или менее возродил сельское хозяйство и «население стало возвращаться в свои дома». Однако турецкое завоевание положило конец византийской деятельности в Морее.

Будучи угнетены всемогущими сеньорами, деревенские жители и крестьяне испытывали большие бедствия. Крестьянство было разорено. Иногда утверждается, что положение крестьян, например в округе Фессалоники в XIV веке – по меньшей мере в имениях крупных собственников – не было столь плохим. Однако, даже если это и так, бедность крестьянства в целом очевидна. Классовые столкновения и ненависть бедных к богатым раздирали не только провинции, но и основные города империи. Во время восстания 1328 г. константинопольская толпа разорила прекрасный дворец Феодора Метохита.

С точки зрения социальных антагонизмов между аристократическими и демократическими элементами, революционные события в Фессалонике, случившиеся в середине XIV века, весьма интересны и важны. Революционная волна, поднявшаяся в 1341 г. в Адрианополе в связи с провозглашением Иоанна Кантакузена императором и выразившаяся в успешном сначала восстании народа против имущих классов (), еребросилась на другие города империи. Особенно в этом отношении интересна революция зилотов в Фессалонике в сороковых годах того же XIV века.

Источники отмечают в Фессалонике три класса: 1) имущие и знатные; 2) средний класс или буржуазия( ), которым принадлежали коммерсанты, предприниматели, крупные ремесленники, мелкие земельные собственники и представители свободных профессий; и, наконец, 3) народ, а именно мелкие земледельцы, мелкие ремесленники, моряки, рабочие. В то время как значение и влияние имущего класса все более и более возрастало, положение низшего класса, особенно окрестных земледельцев, земли которых были постоянно разоряемы неприятелем, все ухудшалось. Вся торговля этого первостепенного экономического центра и связанные с нею выгоды находились в руках высшего класса. Рознь росла, и только недоставало случая, чтобы произошло столкновение. Но вот, Иоанн Кантакузен, провозглашенный императором, нашел поддержку у знати. Сейчас же демократические низы выступили в защиту Палеологов. О. Тафрали писал: «Это не была уже борьба честолюбий между лицами, которые оспаривали друг у друга верховную власть, но борьба между двумя классами, из которых один желал сохранить свои привилегии, другой пытался сбросить ярмо».