Проведение этого дела не представляло больших затруднений, так как известно, что громадное большинство восточного духовенства и общества было против соединения с Римской церковью. Лионская уния, не оправдав ожиданий ни той, ни другой стороны, просуществовала формально восемь лет (1274–1282 гг.).

Разрыв с унией знаменовал собой также торжество идей зилотов и арсенитов, которые были убежденными врагами унии, «унионистов» и всего «латинского». Но арсениты не довольствовались этим. Они приняли участие на стороне Ласкарей в политическом заговоре против императора, надеясь, в случае успеха, получить исключительное влияние в государстве. Однако, заговор арсенитов был вовремя открыт и подавлен, после чего арсенитский раскол постепенно исчез, не пережив Андроника Старшего, который, несмотря на все испытанные со стороны арсенитов неприятности, согласился в конце концов на торжественное примирение их с церковью. Если после примирения некоторые из присоединившихся раскольников-арсенитов снова «отпали от единомыслия и снова начали жить особняком в расколе», то это, по словам И. Е. Троицкого, «был уже последний, предсмертный порыв пережившего себя движения, ни в ком не нашедшего отклика, и вскоре исчезнувший без следа вместе с этими последними его представителями в новых гражданских и церковных смутах».

В связи с отменой унии и торжеством православной политики к концу XIII века крепнет и усиливается опирающаяся на монашество и на его идеалы партия зилотов-ревнителей. В XIV веке они развивают кипучую деятельность, не ограничивавшуюся лишь церковными вопросами, но и увлекавшую их в борьбу политических партий и общественных течений. Зилоты, например, принимали живое участие в солунских смутах XIV века, преследуя политические, недостаточно еще разъясненные задачи и стоя на стороне императора Палеолога в его борьбе с Кантакузеном, что позволяет одному ученому называть зилотов в данном случае «легитимистами». Сравнительно недавно румынским ученым О. Тафрали в науке сделана интересная попытка изложить политическую идеологию зилотов на основании одной неизданной речи известного византийского мистика XIV века Николая Кавасилы.

Идеалы зилотов и монашества одерживают постепенно верх над белым духовенством в первой половине XIV века. Это движение разрешилось полным торжеством афонских иноков над константинопольским патриархатом в эпоху так называемых исихастских споров, о которых речь будет несколько ниже. В это время на константинопольском патриаршем престоле восседали последний патриарх из государственных сановников и последний патриарх из белого духовенства. «С этих пор высшие места в иерархии исключительно замещаются уже монашествующими, а константинопольский патриарший престол надолго делается достоянием питомцев Св. Горы Афонской».

При Андронике II Старшем произошло важное изменение в управлении Афоном. Как известно, Алексей Комнин в конце XI века, освободив Афон от всякого подчинения какой-либо внешней церковной или гражданской власти, подчинил афонские монастыри только одному императору, который и рукополагал прота, т.е. главу совета игуменов (протата), управлявшего монастырями. Андроник Старший отказался от непосредственной власти над Афоном и подчинил монастыри власти Константинопольского патриарха, от которого прот и должен был получать посвящение. В данной по этому случаю царской грамоте (хрисовуле) говорится, что прот Афонской горы, этого «второго рая или неба звездного, или убежища всех добродетелей», будет состоять «под патриаршим великим духовным начальством после получения от него обычного благословения».

Ко времени того же Андроника Старшего относится последняя важная реформа в деле церковного устройства в смысле нового распределения епархий, более соответствовавшего сокращенным размерам государства. Несмотря на некоторые изменения при Комнинах и Ангелах, номинально имело еще в конце XIII века силу распределение епархий и епископских кафедр, приписываемое обычно Льву Мудрому (около 900 г.). Но в XIII веке обстоятельства совершенно изменились. Территория государства уменьшилась: Малая Азия была почти вся потеряна; в Европе славянские и латинские государства заняли также большую часть прежде принадлежавших империи областей. Тем не менее «перечень митрополий, подчиненных апостольскому и патриаршему престолу богохранимой столицы Константинополя», составленный при Андронике Старшем, заставляет совершенно забывать о незначительности государственной территории империи, перечисляя длинный ряд городов в чужих областях и странах, которые в церковном отношении подчинены Константинопольскому патриарху. Из более отдаленных пунктов, названных в этом перечне, можно отметить несколько митрополий в кавказских странах, в Крыму, в России, Галиче, Литве. Распределение митрополий при Андронике Старшем имеет также то значение, что оно, конечно с изменениями, вызванными длинным рядом позднейших внешних событий, действует по существу в Константинополе и до настоящего времени.