Судьба Иерусалима для Алексея имела в данный момент интерес второстепенный.

Борьба между императором и Боемундом была неминуема. Удобный момент для Византии, казалось, настал тогда, когда Боемунд неожиданно был захвачен в плен турками, а именно эмиром из династии Данишмендов, завоевавших в самом конце XI века Каппадокию и образовавших самостоятельное владение, которое во второй половине XII века, однако, было уничтожено сельджуками. Переговоры Алексея с эмиром о выдаче ему за известную сумму денег Боемунда не удались. Выкупленный другими, последний возвратился в Антиохию и на требование императора, ссылавшегося на заключенные с крестоносцами условия, передать ему Антиохию ответил Алексею решительным отказом.

В это время, а именно в 1104 году, мусульмане одержали большую победу над Боемундом и другими латинскими князьями при Харране, на юг от Эдессы. Это поражение крестоносцев чуть не повлекло за собой разрушения христианских владений в Сирии, но с другой стороны окрылило надежды как Алексея, так и мусульман; те и другие с удовольствием взирали на неминуемое ослабление Боемунда. Действительно, Харранская битва разрушила его планы основать на Востоке сильное нормандское государство; он понял, что у него нет достаточно сил, чтобы снова вступить в борьбу с мусульманами и со своим заклятым врагом, императором византийским. Дальнейшее пребывание на Востоке уже цели для Боемунда не имело. Для того чтобы сломить византийскую мощь, надо ей нанести удар в Константинополе с новыми набранными в Европе силами. Ввиду всех этих обстоятельств Боемунд сел на корабль и направился в Апулию, оставив вместо себя в Антиохии племянника Танкреда. Анна Комнина сообщает любопытный, написанный не без юмора рассказ о том, как Боемунд, для большей безопасности во время морского путешествия от нападения греков, притворился мертвым, был положен в гроб и в гробу совершил свой путь до Италии.

Возвращение Боемунда в Италию было встречено с большим энтузиазмом. Люди собирались в толпы, чтобы посмотреть на него, как говорит средневековый автор, «словно они собирались увидеть самого Христа». Собрав войско, Боемунд начал враждебные действия против Византии. Сам папа благословил намерения Боемунда. Его экспедиция против Алексея, объясняет американский историк, «перестала быть просто политическим движением. Оно теперь получило одобрение церкви и обрело достоинство крестового похода».

Войска Боемунда были, вероятнее всего, набраны во Франции и Италии, однако, по всей вероятности, в его армии были также англичане, немцы и испанцы. План его заключался в повторении кампании его отца, Роберта Гуискара, в 1081 году – то есть взять Диррахий (Дураццо) и затем через Салоники идти на Константинополь. Но поход оказался для Боемунда неудачным. Он потерпел под Диррахием поражение и вынужден был заключить с Алексеем мир на унизительных для себя условиях. Вот главные пункты договора: Боемунд объявлял себя ленником Алексея и его сына Иоанна, обязуясь помогать империи против всех ее врагов, будут ли это христиане или мусульмане; обещал передавать Алексею все завоеванные земли, которые раньше принадлежали Византии; что же касается земель, не принадлежавших Византии и которые в будущем могут быть им отняты у турок или армян, Боемунд должен рассматривать их как земли, уступленные ему императором; своего племянника Танкреда он будет считать за врага, если тот не согласится подчиниться императору; Антиохийский патриарх будет назначаться императором из лиц, принадлежащих к Восточной церкви, чтобы не было бы латинского патриарха Антиохийского. Города и области, гарантировавшиеся Боемунду, перечислены в соглашении. Документ завершается торжественной клятвой Боемунда на кресте, терновом венце, гвоздях и копье Христа в том, что пункты договора будут им соблюдаться.

Этим крушением всех планов Боемунда и заканчивается, собственно говоря, его бурная и, пожалуй, роковая для крестовых походов деятельность. В последние три года жизни он уже никакой роли не играл. Он умер в 1111 году в Апулии.

Смерть Боемунда затруднила положение Алексея, так как Танкред Антиохийский не соглашался исполнять договора своего дяди и передать Антиохию императору. Для последнего предстояло все начинать снова. Был обсуждаем план похода под Антиохию, не приведенный, однако, в исполнение. Очевидно, у империи в данное время не было возможности предпринять эту нелегкую экспедицию. Делу похода под Антиохию даже не помогла смерть Танкреда, умершего вскоре после Боемунда. Последние годы правления Алексея были заняты, преимущественно, почти ежегодными и часто успешными для империи войнами с турками в Малой Азии.

Во внешней жизни империи Алексей выполнил трудную задачу. Очень часто Алексея судили с точки зрения его отношения к крестоносцам, упуская из виду совокупность его внешней деятельности, что является совершенно неправильным. В одном из своих писем современник Алексея архиепископ Болгарский Феофилакт, пользуясь выражением псалма (79; 13), сравнивает Болгарскую фему с виноградной лозой, которую «обрывают все проходящие по пути». Это сравнение, по справедливому замечанию французского историка Шаландона, можно приложить к Восточной империи времени Алексея.