Тот же автор заявляет: «Император не является субъектом ни законов, ни канонов».

Церковная жизнь при Комнинах и Ангелах открывала императорам возможность широко применять свои цезаре-папистские взгляды: с одной стороны, многочисленные «ереси» и «лжеучения» сильно волновали умы населения империи; с другой стороны, угроза от турок и печенегов и сближение империи с Западом, явившееся результатом крестовых походов, стали грозить самому существованию Византии, как самостоятельного государства, и заставили императоров серьезно обдумать и взвесить вопрос об унии с католической церковью, которая в лице папы могла предотвратить надвигавшуюся с Запада на Восток политическую опасность.

В религиозном отношении первые два Комнина, являясь вообще защитниками восточной православной веры и церкви внутри государства, тем не менее соглашались, под давлением политических причин, на некоторые уступки в пользу католической церкви. Увлеченная деятельностью своего отца, Алексея Комнина, Анна Комнина с несомненным преувеличением в своей «Алексиаде» называет отца «тринадцатым апостолом»; или, если последняя честь должна принадлежать Константину Великому, то Алексея Комнина, по словам той же писательницы, «можно считать равным самодержцу Константину Великому, или же, чтобы избежать возражений, следующим после Константина апостолом и императором». Третий Комнин, Мануил, уже слишком усердно приносил интересы восточной церкви в жертву своей несбыточной западной политике.

Во внутренней церковной жизни империи главное внимание государей было обращено на борьбу с догматическими заблуждениями и еретическими движениями их времени. Одна сторона в церковной жизни смущала императоров: это – чрезмерный рост церковного и монастырского имущества, против чего правительство и принимало время от времени соответствующие меры.

Алексей Комнин для нужд государственной обороны и для вознаграждения лиц, помогших ему овладеть престолом, конфисковал часть монастырских имений и перечеканил в деньги некоторые церковные сосуды. Однако, уступая возникшему вследствие этого недовольству, император возвратил церквам стоимость взятых сосудов и осудил свое поведение специальной новеллой «О неупотреблении священных сосудов на общественные надобности». Но Мануил восстановлением отмененной новеллы 964 года Никифора Фоки еще раз положил предел дальнейшему увеличению церковной и монастырской собственности, хотя рядом последующих новелл и должен был, по возможности, смягчать суровые для духовенства последствия данного распоряжения.

Непорядки и моральный упадок в духовном сословии также тревожили сердце Алексея Комнина, который в одной из своих новелл объявлял, что «христианская вера подвергается опасности, так как церковный чин с каждым днем приходит все в худшее состояние», и намечал целый ряд мер для поднятия нравственного значения духовенства в смысле лучшего устроения жизни последнего на канонических началах, развития его образования, широкого развития пастырской деятельности и т.д. Далеко не всегда, правда, императору удавалось, ввиду общих жизненных условий того времени в стране, проводить свои благие начинания в жизнь.

Выступая иногда против чрезмерного увеличения церковной собственности, Комнины в то же время являлись нередко покровителями и основателями монастырей.

При Алексее Афонская Гора была объявлена императором свободной до скончания века от всяких податей и других притеснений; причем «гражданские чиновники не должны иметь никаких сношений со Св. Горой»; как и прежде, Афон не зависел ни от какого епископа; прот, т.е. председатель совета игуменов афонских монастырей, рукополагался самим императором. Итак, Афон находился в прямой зависимости от самого государя. При Мануиле русские, жившие уже раньше на Афоне и имевшие там небольшой монастырь, получили по постановлению протата (совета игуменов) обитель Пантелеймона, которая пользуется широкой известностью и в наше время.

Тот же император Алексей Комнин помог Христодулу основать на острове Патмосе, где, по преданию, Иоанн Богослов написал Апокалипсис, монастырь во имя этого святого, существующий и поныне. В изданном по этому делу хрисовуле император дарил означенный остров Христодулу в вечную, неотъемлемую собственность, освобождал его от всяких налогов и запрещал доступ на остров всяким государственным чиновникам. Строжайший режим жизни был введен в монастыре. По словам Ф. Шаландона, «остров Патмос сделался маленькою религиозною, почти независимою республикой, где могли жить одни монахи». Атаки сельджуков на острова Архипелага заставили Христодула покинуть Патмос и искать спасения на Эвбее, где Христодул и умер в конце XI века. Реформы Христодула его не пережили, и все его попытки [создать монашескую республику]на острове Патмосе кончились ничем.

Иоанн Комнин построил в Константинополе монастырь Вседержителя (Пантократора) и учредил при нем для бедных мирян в высшей степени благоустроенную больницу на пятьдесят кроватей, внутреннее устройство которой, подробно описанное в опубликованном по этому делу императором уставе (типиконе), являет собой пример «может быть, самого трогательного, что история сохранила насчет гуманитарных понятий в византийском обществе».