Папа Евгений IV враждебно относился к собору с подобными планами. С византийскими греками и императором Иоанном VIII были одновременно и независимо открыты переговоры Базельским собором и папою. Базельский собор и Константинополь обменялись посольствами, и в числе греческих послов в Базель находился игумен одного из константинопольских монастырей Исидор, будущий митрополит Московский, произнесший на соборе речь в пользу соединения церквей. По его словам, это «создаст грандиозный памятник, могущий соперничать с колоссом Родосским, вершина которого достигала бы небес и блеск которого отражался бы на Востоке и Западе». После безрезультатных споров о месте будущего собора отцы Базельского собора вынесли решение о том, что последний, устранив гуситские раздоры, займется уже после этого улаживанием греческого вопроса. Подобное решение собора было в высшей степени обидным для византийских греков, носителей истинного православия, которые в данном случае ставились на одну доску с «еретиками» гуситами. В Константинополе по этому вопросу «разразилась настоящая буря». Между тем, император постепенно сближался с папой, в руки которого и перешло ведение дела унии. Боясь реформаторских стремлений Базеля, Евгений IV перенес заседание собора в северо-итальянский город Феррату, а затем, из-за вспыхнувшей там чумы, во Флоренцию. Однако часть членов собора, не повинуясь папскому велению, осталась в Базеле и даже избрала другого папу.

Заседания Ферраро-Флорентийского собора были обставлены с необычайной торжественностью. Император Иоанн VIII с братом, Константинопольский патриарх Иосиф, Эфесский митрополит, ярый противник унии Марк, одаренный и высокообразованный сторонник унии Виссарион, и большое количество других духовных и светских лиц прибыли через Венецию в Феррару. Московский великий князь Василий II Темный отправил на собор недавно назначенного митрополитом в Москву склонного к унии Исидора, которого сопровождала многочисленная свита из русских духовных и светских лиц. Это была эпоха расцвета Итальянского Возрождения, когда Феррара жила кипучей жизнью культуры и просвещения под владычеством фамилии Эсте, а Флоренция – блестящих Медичи.

Споры и рассуждения на соборе, сводившиеся к двум главным вопросам, к filioque и главенству папы, затянулись довольно долго. Далеко не все прибывшие греки соглашались признать эти положения. Утомленный император собирался уехать. Патриарх Иосиф, противник унии, умер во Флоренции еще до официального ее объявления. Особенно деятельно на пользу унии работал Московский митрополит Исидор. Наконец, составленный на двух языках акт унии был, в присутствии императора, торжественно обнародован 6 июля 1439 г. во Флорентийском соборе Santa Maria del Fiore. Некоторые из греков во главе с Марком Эфесским этого акта не подписали.

В Италии до сих пор существует целый ряд памятников, относящихся к Флорентийской унии. Один из интересных, особенно для нас, современных XV веку экземпляров акта унии на трех языках: латинском, греческом и славянском, хранится и выставлен для обозрения в одной из библиотек Флоренции (Biblioteca Laurenziana). Среди греческих и латинских подписей на этом документе находится и одна русская подпись «смиренного епископа Авраамия Суздальского», присутствовавшего на соборе. Существует, как известно, в наши дни и собор во Флоренции Santa Maria del Fiore, где была провозглашена уния. В другой флорентийской церкви, Santa Maria Novella, сохранился надгробный памятник умершего во время собора Константинопольского патриарха Иосифа. На памятнике можно видеть до сих пор фресковое изображение патриарха во весь рост. Наконец, в Палаццо Риккарди в той же Флоренции сохранилась большая фреска итальянского живописца XV века Беноццо Гоццоли (Benozzo Gozzoli), изображающая шествие волхвов, которые отправляются в Вифлеем на поклонение новорожденному Христу. Под видом едущих верхом волхвов художник изобразил, между прочим, правда, довольно фантастически, Иоанна Палеолога и патриарха Иосифа, въезд которых во Флоренцию он мог лично наблюдать. Рим также имеет несколько воспоминаний о Флорентийской унии. Между большими барельефами с изображением Спасителя, Богородицы, апостолов Петра и Павла на известных главных входных дверях в храм св. Петра, работы XV века, помещены небольшие барельефы, имеющие отношение к Флорентийскому собору. Это: отплытие императора из Константинополя, прибытие в Феррару, заседание Флорентийского собора, отплытие императора со свитой из Венеции. Затем, в одном из римских музеев хранится красивый, часто приводимый на рисунках, бронзовый бюст в натуральную величину Иоанна Палеолога в остроконечной шляпе, исполненный, может быть, с натуры во время пребывания императора во Флоренции.

Подобно Лионской унии, Флорентийская не была принята на Востоке, и возвратившийся в Константинополь Иоанн быстро увидел, что задуманное им дело не удалось. Около не подписавшего унию Марка Эфесского сплотилась многочисленная православная партия; многие из подписавших унию взяли свои подписи обратно. Исидор, решившись по возвращении в Москву ввести унию в России и приказав в Успенском соборе прочесть торжественно грамоту о соединении церквей, также не нашел никакого сочувствия и, будучи назван великим князем не пастырем и учителем, а волком, был заключен в монастырь, откуда бегством спасся в Рим.