Он принимал ортодоксальную религию; он не был таким человеком, чтобы ссориться с правительством по такому вопросу. Но в то время как он думал, что разум мог бы доказать существование Бога, он считал все остальное в теологии познаваемым только через откровение. В самом деле, он считал, что торжество веры наиболее велико тогда, когда беспомощному разуму догма кажется наиболее нелепой. Однако философия должна зависеть только от разума. Таким образом, он был сторонником доктрины "двойственной истины": истины разума и истины откровения. Эта доктрина была выдвинута некоторыми аверроистами в XIII веке, но была осуждена церковью. "Торжество веры" для официальных представителей церкви было опасным, девизом. Позже, в XVII веке, Бейль употребил его иронически. Излагая с большими подробностями все те положения, которые разум мог бы высказать против некоторой ортодоксальной веры, он потом заключает: "Триумф веры тем больше, что, несмотря на все это, мы верим в нее". Насколько преданность вере у Бэкона была искренней, узнать невозможно.

Бэкон был первым из целого ряда интересующихся наукой философов, который подчеркивал важность индукции в противоположность дедукции. Как и большинство его последователей, он попытался найти некий лучший вид индукции, чем то, что называется "индукция через простое перечисление". Индукция через простое перечисление может быть проиллюстрирована такой притчей. Жил однажды чиновник по переписи, который должен был переписать фамилии всех домовладельцев в каком-то уэльсском селе. Первый, которого он спросил, назвался Уильямом Уильямсом, то же было со вторым, третьим, четвертым... Наконец он сказал себе: "Это утомительно, очевидно, все они Уильямы Уильямсы. Так я и запишу их всех и буду свободен". Но он ошибся, так как все же был один человек по имени Джон Джонс. Это показывает, что мы можем прийти к неправильным выводам, если слишком безоговорочно поверим в индукцию через простое перечисление.

Бэкон верил, что он имеет метод, при помощи которого индукция сможет сделать нечто большее, чем это. Он, например, хотел раскрыть природу теплоты, которая, как он предполагал, (и это правильно) состоит из быстрых и беспорядочных движений мельчайших частиц тел. Его метод должен был привести к созданию таблиц горячих тел, холодных тел и тел различной степени тепла. Он надеялся, что эти таблицы покажут, что некоторые качества всегда присущи только горячим телам и отсутствуют в холодных, а в телах с различной степенью тепла они присутствуют в различной степени. Применяя этот метод, он надеялся установить общие законы, имеющие на первой ступени самую малую степень общности. Из ряда таких законов он надеялся вывести закон второй степени общности и т.д. Предполагаемый закон должен быть испытан применением в новых условиях; если бы он действовал и в этих условиях, он был бы подтвержден. Некоторые примеры особенно ценны потому, что они дают нам возможность выбрать между двумя теориями, каждая из которых возможна в той мере, в какой это касается предыдущих наблюдений. Такие примеры называются "преимущественными примерами".

Бэкон не только презирал силлогизм, но недооценивал и математику, рассматривая ее как недостаточно экспериментальную. Он с открытой враждой относился и к Аристотелю, однако очень высоко ценил Демокрита. Хотя он не отрицал того, что природа служит примером божественной цели, он отвергал любую примесь теологических объяснений в фактическом исследовании явлений; он считал, что все нужно объяснять как необходимое следствие действующих причин.

Он ценил свой метод за то, что тот показывал, как классифицировать наблюдаемые факты, на которых должна базироваться наука. Мы не должны, говорит он, уподобляться ни паукам, которые ткут нить из самих себя, ни муравьям, которые просто собирают, а быть подобными пчелам, которые и собирают и упорядочивают. В этом есть кое-что несправедливое по отношению к муравьям, но зато это иллюстрирует мысль Бэкона.

Одна из наиболее знаменитых частей философии Бэкона – это его перечисление того, что он называет "идолами", под которыми подразумевает плохие привычки ума, которые приводят людей к ошибкам. Из них он перечисляет пять видов. "Идолами рода" являются те, которые свойственны самой природе человека; в частности он упоминает привычку ожидания большего порядка, чем действительно можно найти в явлениях природы. "Идолы пещеры" – это личные суеверия, присущие отдельному исследователю. "Идолы рынка" – это те, которые связаны с тиранией слов. "Идолы театра" – это те, которые связаны с общепринятыми системами мышления; из них, естественно, система мышления Аристотеля и схоластов представляются наиболее заслуживающими внимания примерами.

Хотя именно наука интересовала Бэкона и хотя в целом его взгляд был научным, он проглядел большую часть из того, что сделала наука его времени. Он отвергал теорию Коперника, что было извинительно, поскольку сам Коперник, не выдвинул ни одного веского аргумента. Но Бэкона мог бы убедить Кеплер, чья "Новая астрономия" появилась в 1609 году. Бэкон, очевидно, не знал о работе Везалия, основоположника современной анатомии, хотя восхищался Гильбертом, чья работа по магнетизму великолепно иллюстрировала индуктивный метод.