Страх перед церковной цензурой заставил его отложить опубликование своих взглядов, хотя он и не препятствовал тому, чтобы о них узнали. Его главная работа "Об обращении небесных сфер" была опубликована в год его смерти (1543) с предисловием его друга Осиандера, в котором говорилось, что гелиоцентрическая теория была выдвинута только, в качестве гипотезы. Точно неизвестно, насколько Коперник санкционировал это заявление, но данный вопрос не слишком важен, так как он сам сделал подобное же заявление в своей книге. Книга была посвящена папе и не подверглась официальному осуждению католицизма до времен Галилея. В годы, когда жил Коперник, церковь была либеральнее, чем она стала после того, как Тридентский собор, иезуиты и ожившая инквизиция сделали свое дело.

По духу работа Коперника не современна; ее можно определить, пожалуй, как пифагорейскую. Он принимает за аксиому, что все небесные движения должны быть круговыми и равномерными, и, подобно грекам, попадает под влияние эстетических мотивов. В его системе все еще есть эпициклы, хотя их центры находятся на Солнце, или скорее около Солнца. Тот факт, что Солнце расположено не точно в центре, портила простоту его теории. Хотя он знал кое-что о пифагорейских доктринах, он не знал, по-видимому, о гелиоцентрической теории Аристарха Самосского, но в его построениях нет ничего, к чему не мог бы прийти греческий астроном. Действительно, что было важно в его работе, так это развенчание представления о Земле как об особом геометрическом центре. В конечном счете, исходя из теории Коперника, становилось трудно признать за человеком космическую значимость, приписанную ему христианской теологией, но такие выводы из его теории не были бы приняты Коперником, ортодоксальная вера которого была искренней, и который протестовал против взгляда, что его теория противоречит Библии.

В теории Коперника были и подлинные трудности, самой большой из которых было отсутствие звездного параллакса. Если Земля в любой из точек своей орбиты находится на расстоянии 283 664 000 км от точки, в которой она будет через шесть месяцев, это должно вызвать изменения в видимом расположении звезд, точно так же как корабль, находящийся на море прямо к северу от одной точки берега, не может быть прямо к северу от другой. Но никакого параллакса не наблюдалось, и Коперник правильно заключил, что неподвижные звезды должны быть значительно более удалены от нас, чем Солнце. Только в XIX веке, когда техника измерений стала достаточно точной, оказалось возможным наблюдать звездные параллаксы, и то только в отношении немногих ближайших звезд.

Другая трудность возникла в отношении падающих тел. Если Земля постоянно вращается с запада на восток, то тело, брошенное с какой-либо высоты, не может упасть в точку, расположенную строго вертикально от места, с которого началось ее падение, а упадет несколько далее к западу, так как Земля за время падения тела пройдет некоторое расстояние. На эту трудность ответ был найден при помощи закона инерции Галилея, но во времена Коперника ответа найти было нельзя.

Есть интересная книга Э.А.Барта под названием "Метафизические основы современной физической науки" (1925), в которой убедительно рассказывается о многих необоснованных предположениях, сделанных людьми, создавшими современную науку. Он совершенно верно указывает, что во времена Коперника не были известны факты, которые заставили бы принять его систему, но был известен ряд фактов, которые говорили против нее. "Современные эмпиристы, если бы они жили в XVI веке, первыми бы высмеяли новую философию мироздания". Основная цель книги состоит в том, чтобы дискредитировать современную науку предположением, что ее открытия были счастливыми случайностями, возникшими из суеверий столь же глубоких, как и суеверия средних веков. Я думаю, что это обнаруживает непонимание научного подхода автором книги: ученого отличает не то, во что он верит, а то, как и почему он верит в это. Его верования не догматические, а опытные. Они базируются на доказательствах, а не на авторитете или интуиции. Коперник был вправе назвать свою теорию гипотезой; его оппоненты неправильно считали, что новые гипотезы нежелательны.

У людей, которые основали современную науку, было два достоинства, которые не всегда сопутствуют друг другу: это огромное терпение в наблюдениях и большая смелость в выдвижении гипотез. Последним из этих достоинств обладали ранние греческие философы, первое в значительной степени имелось у более поздних астрономов античности. Но никто из древних, за исключением, может быть, Аристарха, не обладал обоими достоинствами, никто не обладал ими одновременно и в средние века. Коперник, как и его великие преемники, обладал обоими достоинствами. Он знал все, что можно было узнать о видимых движениях небесных тел по небесной сфере при помощи существовавших в его дни приборов, и понимал, что гипотеза о суточном вращении Земли была более экономна, чем гипотеза о круговом вращении всех небесных сфер.