В процессе существования организмов II-го поколения стало складываться всё больше ситуаций, при которых на раздражение отдельных рецепторов организму целесообразнее было реагировать совершенно по разному. Так, например, сытое животное при виде новых порций пищи или воды никак не реагирует на них, поскольку его первая сигнальная подсистема наряду с получением сигнала от рецептора глаза одновременно получает также сигнал и от рецептора аккумулятивной подсистемы организма и этот сигнал по своей раздражающей силе на какое-то время оказывается сильнее первого. Для анализа постоянно поступающих в неё сигналов о различной силы раздражениях многочисленных рецепторов на стыках центров преломления рефлекторных дуг в недрах ЦНП стали формироваться так называемые центры анализа и обработки раздражающих сигналов, на которые легла функция координации хода последующих реакций на большинство раздражений, передаваемых от различных рецепторов. По мере эволюции организмов II-го поколения эти аналитические центры первой сигнальной подсистемы всё более локализовывались в структурах головного мозга, а учитывая, что функционально организмы II-го поколения постепенно всё более разнились между собой, аналогичную всё большую разницу приобретали и аналитические фн. центры ЦНП. Таким образом, со временем становилось всё более очевидным, что каждая вновь появляющаяся функция организмов II-го поколения получала свой, обслуживающий только её аналитический центр головного мозга ЦНП, то есть актуальная область движения Материи в качестве-времени () на новом этапе её Эволюции всё более перемещалась в структуры головного мозга организма.
Ещё одной важной подсистемой организмов II-го поколения стала подсистема генозаписи, которая помимо кодирования структурного развёртывания всей системы организма, а также состава всех его фщ. единиц стала генетически записывать ещё и рефлекторные связи дуг, и соотвествующие аналитические фн. центры сигнальной подсистемы ЦНП. Именно таким путём начал складываться генотип организмов. Вновь образовывавшиеся впоследствии рефлекторные дуги и аналитические фн. центры при закреплении их в качестве условных рефлексов составляли фенотип организма, после чего генетически записывались и передавались по наследству, входя уже наряду с ранее записанными рефлексами в генотип последующих поколений, соответственно пополняя его и всё более развивая его духовность .
Последней важной подсистемой организмов II-го поколения следует считать подсистему воспроизведения потомства, основанную на функциональном разделении всех организмов на два пола: мужские и женские особи. Каждый пол со временем приобретал всё большую фн. специализацию, однако наибольшего отличия достигли органы подсистем, принимающие непосредственное участие в производстве потомства. Зарождение каждого организма начинается с момента соединения двух специализированных клеток - гамет, отдельно заимствованных от особей обоих полов. В каждой гамете имеется своя генетическая запись, заключенная в гаплоидном наборе нескольких десятков хромосом, при этом любое внутрихромосомное отклонение генома определённым образом отражается на формирующемся генофонде потомства. Развитие зародышей организмов млекопитающих первое время протекает в специальной подсистеме материнского организма под контролем его ЦНП, регулирующей прежде всего подвод соответствующих питательных элементов для заполнения фн. ячеек развёртываемой структуры нового организма. После рождения детёныша и отделения его от материнской системы, снабжение нового организма питательными элементами материнским организмом осуществляется ещё продолжительное время и они поступают в него в виде специального раствора (молока), вырабатываемого соответствующей фн. подсистемой организма женской особи. У организмов II-го поколения существуют также подсистемы воспроизведения потомства посредством выкладки яиц, представляющих собой зародыш в строго дозированной среде тщательно отобранных питательных элементов, которые он полностью использует в качестве фщ. единиц для фн. ячеек развёртываемой структуры до определённого момента своего развития.
Таким образом, морфологическая и физиологическая дифференциация подсистем организмов II-го поколения, протекавшая многие миллионы лет, отвечала потребностям движения Материи по ординате качества-времени (), являясь в то же время прямым следствием этого движения. Следует отметить, что в Развитии Материи данный вид движения к этому моменту стал окончательно доминирующим для рассматриваемой области Вселенной, в то время как движение в пространстве-времени всё больше стало играть второстепенную вспомогательную роль.
В процессе эволюции новые, высшие по своей организации группы организмов возникали путём ароморфозов, идиоадаптаций и дегенераций. На одном из этапов указанного процесса развития системной организации Материи появились представители организмов третьего поколения. К ним относятся организмы, использующие в качестве строительных полуфабрикатов при синтезировании своих фщ. единиц не неорганические вещества гумусового слоя и не органические соединения размельчённых тканей отдельных органов растений, а значительно более сложные органические вещества тканей организмов II-го поколения.