Следующей функционально важной подсистемой организмов растений являются стебли. Перечень функций, выполняемый сочетаниями их фн. ячеек, также весьма обширен. Сюда прежде всего следует отнести внутрисистемные пространственные перемещения различных фщ. единиц из одних частей системы в другие: от листьев к корням, от корней к листьям и т.д. Для этих целей структура стеблей предусматривает наличие специальных транспортных артерий, или сосудов, пронизывающих подсистемы всего организма, и по которым фщ. единицы перемещаются из одних фн. ячеек в другие. При этом вода и минеральные соли поднимаются от корней в верхнюю часть растений по внутренним сосудам, а образовавшиеся в листьях органические вещества транспортируются по внешним артериям стеблей. У многих растений структура стеблей (стволов) включает аккумулятивные фн. ячейки, куда складируется запас необходимых для последующего использования элементов. Стебли (стволы) растений служат также целям оптимального расположения фн. ячеек структуры организма растения в геометрии пространства. Поэтому даже пространственное расположение лиственного покрова растения с целью обеспечения максимальной площади его облучения Солнцем входит в функцию стеблей.
Ещё одной очень важной особеностью строения стеблей является включение в их структуру сигнальной подсистемы организма растения, имеющей свои ответвления практически во всех его органах. Однако главные каналы связи проходят именно через стебли. По этим каналам внутренняя информация организма поступает из одной подсистемы в другую, координируя таким образом во времени начало и прекращение тех или иных реакций, запрограммированных алгоритмами соответствующих фн. ячеек. Эти же сигналы служат для внесения коррекции в указанные алгоритмы. Здесь следует отметить, что само понятие организм включает в себя наличие условно целостной биологической системы с обязательным присутствием сигнальной подсистемы. Именно благодаря сигнальной подсистеме некое скопление органических клеток объединено в систему единого организма. В простейших организмах растений сигнальная подсистема появилась вначале также в довольно зачаточном состоянии, развившись со временем в примитивную первую сигнальную подсистему, положившую одновременно начало появлению духовности в организме. Как уже отмечалось, сигнальная подсистема организмов растительно-животного мира имеет биоэлектрическую природу. С её помощью происходит тесное взаимодействие подсистем единой структуры организма, регулирование во времени алгоритмической деятельности тех или иных фщ. единиц.
Здесь необходимо также отметить и то, что в столь сложных системных образованиях, каковыми являются организмы I-го поколения, своё дальнейшее развитие получило общее для всей живой организации Материи свойство - раздражимость. Под раздражимостью понимают способность системы отвечать на внешние воздействия такой реакцией, которая по своей силе, месту и характеру не соответствует силе, месту и характеру самого внешнего воздействия, при этом данная реакция имеет обратимый характер, что способствует её многократному повторению. В организмах, даже самых примитивных, раздражимость проявляется в гораздо более сложной, чем в изолированном белковом комплексе, дифференцированной форме, имеющей своё определённое функциональное значение, однако и здесь она базируется на закономерностях, свойственных всем системным формированиям, а именно: перемещении в определённый период времени отдельных фщ. единиц из одних фн. ячеек в другие. Элементарной формой раздражимости является способность находящегося в клетках миозина отвечать сокращением при воздействии на него минимальным количеством АТФ, как естественного химического раздражителя. Реакция сократительного белка на АТФ исчезает, если блокировать одну из важнейших реактивных групп белков - сульфгидрильную группу. Восстановление этих групп в структуре сократительного белка восстанавливает и реакцию белка на названный раздражитель. Растения не имеют специальных тканей или какого-либо координационного центра, воспринимающих и проводящих раздражения. Однако, несмотря на относительную примитивность реакций растений на раздражения, сложнейшая подсистема плазматических, сосудистых и гормональных связей, объединённая в примитивную сигнальную подсистему, в свою очередь объединяет все их части и органы в единый целостный организм и регулирует все физиологические и биологические процессы. Возбуждённый участок ткани или органа растения приобретает отрицательный по отношению к невозбуждённым участкам заряд, вследствие чего между возбуждённым и невозбуждённым участками возникает электрический ток (биоэлектрический потенциал). Кроме того, в возбуждённом участке образуются (или освобождаются) вещества высокой физиологической активности (ауксины и другие фитогормоны), которые передвигаются к другим участкам ткани и, наряду с биотоками, вызывают в них состояние возбуждения. Скорость распространения возбуждения у растений составляет единицы и десятки микронов/сек. Претерпев соответствующие молекулярно-физические изменения в ответ на воздействие раздражающих агентов, белковые структуры в силу действия имеющейся генозаписи их исходного построения вновь возвращаются в своё первоначальное состояние и могут снова реагировать на те или иные воздействия.