Вступающие в процесс обмена веществ в качестве реагентов фщ. единицы - субстрат заполняют собой строго предназначенные для них фн. ячейки в структуре данной системы, в которых в определённый момент времени по предписанию алгоритмов они вступают в комплексное соединение с соответствующим белком-ферментом. Каждый такой комплекс является неустойчивым образованием, но достаточно надёжным, чтобы выполнить какую-нибудь необходимую функцию. Отфункционировав, он очень быстро подвергается дальнейшему превращению, при этом субстрат изменяется в соответствующем направлении, то есть составляющие его фщ. единицы переходят в другие фн. ячейки, а фермент регенерирует и может опять вступить в комплекс с новой порцией субстрата для поддержания возможности выполнения необходимой функции данным системообразованием. Поэтому для того, чтобы любая фщ. единица реально могла участвовать в обмене веществ в системах уровня З, она должна войти во взаимодействие с белком, образовать с ним определённое комплексное соединение и только таким путём реализовать свои фн. свойства. В силу этого то направление, в котором изменяется при обмене веществ любое органическое соединение, зависит не только от индивидуального молекулярного строения составляющих фщ. единиц и определяющих его фн. свойства, но и от фн. ячейки, куда каждая фщ. единица соединения попадает и где она совместно с другими фщ. единицами - белками должна образовать фн. комплекс с новыми фн. свойствами, способный выполнить ту или иную новую функцию, подчиняясь превалирующим в данной системе алгоритмам.
Вследствие чрезвычайно тонкой специфичности ферментных белков, каждый из них, обладая строго индивидуальными фн. свойствами, может попасть только в строго определённые фн. ячейки и, в силу этого, способен образовывать фн. комплексы только с определёнными фщ. единицами предыдущих подуровней, а также катализировать лишь определённые индивидуальные реакции. Поэтому в осуществлении того или иного жизненного процесса, а тем более всего обмена веществ в целом, участвуют тысячи индивидуальных белков - ферментов, при этом каждый из них способен специфически катализировать лишь отдельную реакцию, и только в совокупности, в определённом сочетании своего действия они создают тот закономерный порядок явлений, который лежит в основе процесса обмена веществ. Итак, обмен веществ, происходящий постоянно в системах любого жизненного организма, это сложнейший клубок химических превращений обмена, где регламентируемые данной совокупностью алгоритмов сплетаются в едино действующий механизм тысячи индивидуальных реакций, суть каждой из которых сводится к перемещению той или иной фщ. единицы из одной фн. ячейки структуры системы в другую, при этом моменты перемещения фщ. единиц по ячейкам строго согласованы по всей системе, чередуются в строго определённом порядке и в каждом перемещении участвуют строго означенные фщ. единицы и фн. ячейки. Вместе с тем, большую роль для течения каждой реакции обмена веществ играет внесистемная и околоподсистемная среда или, иными словами, системное окружение единицами предыдущих подуровней Материи. Так, всякое повышение или понижение температуры, всякое изменение кислотной среды, окислительного потенциала или осмотического давления смещает соотношение между скоростями отдельных ферментативных реакций, происходящих в системе данного живого организма, а, следовательно, изменяет их взаимосвязь во времени, что, в свою очередь, находит отражение в изменении периодов функционирования тех или иных фщ. единиц. Таким образом, системная организация живого вещества неразрывно связана с околосистемной организацией среды и составляет с ней единое целое. Кроме того, очень большое влияние на порядок и направление лежащих в основе обмена ферментативных реакций имеет и пространственная организация фн. ячеек в структуре живого вещества. Итак, многие десятки и сотни тысяч химических реакций, непрерывно протекающих в каждом живом организме, не только строго согласованы между собой во времени бесчисленное число раз отработанными алгоритмами, не только сочетаются в едином порядке всей структурной организацией его системы и окружающей его околосистемной среды, но и сам весь этот порядок направлен на поддержание в течение определённого периода времени гиперфункциональных свойств всей данной системы в целом, как фщ. единицы более высокого уровня. Вновь приобретённые при этом фн. свойства белковых веществ могут стать ясными лишь при изучении особенностей их функционирования в организме в качестве фщ. единиц систем более высокого организационного уровня Материи.
В связи с тем, что с момента вступления качественных форм Материи в так называемую "живую" стадию Развития характер организации систем усложнился, помимо организующих начал, характерных для систем предыдущих подуровней, как то:
1) наличие строго регламентированного количества фн. ячеек, объединённых в единую структуру связей,
2) заполняющих их и соответствующих им фщ. единиц,
3) совокупности алгоритмов построения, функционирования и распада,
4) энергообеспечения процесса функционирования системы
для организационного уровня З потребовались дополнительные системообразующие факторы.