С распадом Советского Союза в Таджикистане к власти пришло коммунистическое правительство. Весной 1992 года этому правительству бросила вызов оппозиция, состоявшая из соперничающих региональных и этнических групп, включая как сторонников светского государства, так и исламистов. Эта оппозиция, поддерживаемая оружием из Афганистана, в сентябре 1992 года изгнала пророссийское правительство из столицы страны, Душанбе. Российское и узбекское правительства, [c.449] предупреждая распространение исламского фундаментализма, ответили быстро и решительно. Российская 201-я мотострелковая дивизия, которая оставалась в Таджикистане, передала вооружение проправительственным войскам, и Россия развернула дополнительные войска для охраны границы с Афганистаном. В ноябре 1992 года Россия, Узбекистан, Казахстан и Кыргызстан согласились на ввод в Таджикистан российских и узбекских сил якобы в миротворческих целях, но на самом деле дали согласие на участие в войне. Заручившись такой поддержкой, обеспеченные российскими оружием и деньгами, войска бывшего правительства оказались в состоянии вернуть Душанбе и установить контроль над большей частью страны. Последовал процесс этнической чистки, и войска оппозиции и беженцы отступили в Афганистан.

Мусульманские правительства Ближнего Востока возражали против военного вмешательства России. Иран, Пакистан и Афганистан все в большей мере поддерживали исламистскую оппозицию деньгами и оружием, помогали ей в обучении солдат. По сообщениям прессы, в 1993 году многие тысячи боевиков прошли подготовку у афганских муджахеддинов, и весной и летом 1993 года таджикские повстанцы предприняли из Афганистана несколько набегов через границу, убив при этом значительное число российских пограничников. Россия ответила размещением в Таджикистане еще большего числа войск, а также осуществляя “массированный артиллерийский и минометный” заградительный огонь и проводя воздушные атаки по целям в Афганистане. Однако арабские правительства снабдили повстанцев финансами, на которые те приобрели ракеты “Стингер” для противодействия авианалетам. К 1995 году Россия развернула в Таджикистане войска численностью в 250 тысяч человек и обеспечивала более половины средств, необходимых для поддержки правительства. С другой стороны, повстанцев активно поддерживали правительство Афганистана и другие мусульманские страны. [c.450] Как указывал Барнетт Рубин, если международные организации или Запад не сумеют оказать существенную помощь либо Таджикистану, либо Афганистану, то первый окажется в полной зависимости от русских, а второй – от своих мусульманских цивилизационных собратьев. “Любой афганский полевой командир, который надеется на иностранную помощь, сегодня либо должен угождать желаниям арабских и пакистанских хозяев финансовых фондов, которые желают распространить джихад на Среднюю Азию, либо вынужден присоединиться к торговле наркотиками”


.

Прологом к третьей антимусульманской войне России, на Северном Кавказе с чеченцами, послужили столкновения в 1992 – 1993 годах, произошедшие между православными осетинами и ингушами-мусульманами. Последние во время Второй Мировой войны вместе с чеченцами и другими мусульманскими народами были депортированы в Среднюю Азию. Оставшиеся осетины захватили собственность ингушей. В 1956-1957 годах депортированным народам было разрешено вернуться, и начались раздоры из-за прав на собственность и из-за контроля над территорией. В ноябре 1992 года на Пригородный район, который Советское правительство передало осетинам и который ингуши хотели вернуть себе, начались нападения с территории Ингушской республики. Чтобы поддержать православных осетин, русские ответили массированным вторжением с участием, в том числе, и казачьих формирований. Как описывал один наблюдатель: “В ноябре 1992 года ингушские деревни в Осетии были окружены и обстреляны русскими танками. Те, кто выжил после обстрела, были убиты или уведены. Резня была проведена подразделениями осетинского ОМОНа [специальных полицейских частей], но российские войска, отправленные в регион “для поддержания мира”, обеспечивали их прикрытие”


. Как сообщал “Экономист”, “трудно представить, чтобы столь громадные разрушения имели место меньше чем за неделю”. Это [c.451] была “первая операция по этнической чистке в Российской Федерации”. Затем Россия использовала конфликт, чтобы пригрозить союзникам ингушей, чеченцам, что, в свою очередь, “привело к немедленной мобилизации Чечни и [в подавляющем большинстве мусульманской] Конфедерации народов Кавказа (КНК). КНК угрожала послать 500.000 добровольцев против российских войск, если они не отступят с чеченской территории. После напряженного противостояния Москва отступила, чтобы избежать перерастания северо-осетино-ингушского конфликта в региональный пожар”


.

Более напряженный и обширный пожар вспыхнул в декабре 1994 года, когда Россия предприняла полномасштабное военное наступление на Чечню. Лидеры двух православных республик, Грузии и Армении, поддержали действия России, в то время как украинский президент был “дипломатически вежлив и просто призвал к мирному урегулированию кризиса”.