Напротив, Гассенди подчеркивает изначальную активность самой материи, идя в этом отношении дальше античных атомистов. Атомы обладают, по Гассенди, не только тяжестью, или весом: они наделены также "энергией, благодаря которой движутся или постоянно стремятся к движению".

Гассенди принадлежит приоритет в создании понятия, имевшего важное значение для науки нового времени, - понятия молекулы. Молекулы, пишет Гассенди, "это тончайшие соединеньица, которые, образуя более совершенные и более нерасторжимые связи (чем указанные выше массы), представляют собой как бы долговечные семена вещей". Молекулы тоже содержат в себе "некую энергию (energia), или активную силу движения, складывающуюся... из энергий отдельных атомов...".

Как и античные атомисты, Гассенди считал состоящими из атомов не только тела, но и души живых существ. "Душа - это нежнейшее тело, как бы сотканное из мельчайших и тончайших телец, большей частью, кроме того, из самых гладких и самых круглых, ибо в противном случае душа не могла бы проникнуть в тело и быть внутренне связана с ним и со всеми его частями..." Те, кто утверждают, что душа бестелесна, не понимают, по Гассенди, что в этом случае она не могла бы ни действовать, ни испытывать воздействие и "представляла бы собой в этом случае нечто вроде сплошной пустоты".

Правда, при этом Гассенди отличает от чувствительной души разумную душу, которую он наделяет бессмертием, не считая ее телесной, однако в отличие от Декарта, у которого учение о разумной душе составляет органическую часть, даже фундамент, его метафизики и физики, у Гассенди утверждение о существовании разумной души никак не связано с характером его аргументации и с содержанием его атомизма. Как совершенно правильно отмечает Ф. А. Ланге, хотя Гассенди и признает существование бессмертного духа, "дух этот, подобно Богу Гассенди, до такой степени стоит вне всякой связи с системой, что легко можно обойтись без него. Гассенди вовсе не ради проблемы единства его признает,- он признает его только потому, что этого требует религия".

Не только душа - даже Бог у Гассенди мыслится как состоящий из нежнейших и тончайших атомов.

Учение о телесности, материальности души тесно связано у Гассенди с сенсуалистической теорией познавательного процесса. Познание Гассенди представляет себе - в духе опять-таки эпикурейской философии - как воздействие извне на познавательную способность человека. Выступая с резкой критикой декартова положения, что человек наиболее ясно и отчетливо может мыслить идею самого себя (cogito ergo sum), Гассенди пишет: "...так как для получения понятия о какой-либо вещи необходимо, чтобы эта вещь воздействовала на познавательную способность, а именно чтобы она посылала этой познавательной способности свой образ или, иначе говоря, информировала ее, то отсюда очевидно, что сама познавательная способность, не имея возможности находиться вне самой себя, не может посылать самой себе свой образ и, следовательно, не может образовать понятие о самой себе, или, что то же самое, воспринять самое себя".

Понятие и образ, познание и восприятие для Гассенди тождественны. Это - крайняя форма сенсуализма, которая приводит Гассенди к утверждению, что познавать, в принципе можно только телесное бытие. И это вполне последовательно, если принять предпосылку Гассенди, что познание есть только восприятие того, что посылает нам свои образы, воздействующие на нашу познавательную способность. Кстати, эта последняя тоже должна быть при этом материальной, ибо материальное может воздействовать только на материальное же. "Образ материальной вещи не может быть воспринят нематериальным умом", - говорит Гассенди.

Декарт различал две познавательные способности, следуя здесь средневековой традиции, идущей от аристотеликов и неоплатоников: воображение, посредством которого человек воспринимает эмпирически данные, т.е. телесные вещи, и понимание (или разум), посредством которого мы постигаем то, что не дано эмпирически - идеи и их отношения. Гассенди выступает против этого различения, рассуждая следующим образом: "Но разве может ум обратиться к самому себе или к какой-нибудь идее, не обращаясь одновременно к чему-нибудь телесному или представленному телесной идеей? Ибо треугольник, пятиугольник, тысячеугольник, десятитысячеугольник, а также другие фигуры и их идеи - все это телесно, и, обращая к ним мысль, ум может понимать их лишь как телесные вещи или на манер телесных вещей. Что же касается идей вещей, считающихся нематериальными, например идей Бога, ангела, человеческой души или ума, то известно, что все наши идеи этих вещей либо телесны, либо как бы телесны, т.е. позаимствованы ... от человеческого образа и от других тончайших, простейших и самых неощутимых вещей, каковы, например, воздух или эфир".

Как видим, логика последовательного сенсуализма требует считать телесными даже Бога, ангелов, не говоря уже о человеческой душе и уме. При таком подходе к процессу познания Гассенди должен прийти к выводу, что не чувства обманывают нас и вводят в заблуждение как считала рационалистическая традиция, а скорее суждения нашего рассудка, поскольку при этом мы слишком далеко отходим от непосредственного восприятия вещей, которое обманывать не может.