Открытие клеточного строения тканей животных и растений, поразившее воображение многих ученых XVII в., дало модель также и для понимания Лейбницем процесса образования сложных агрегатов из простых монад. "Существуют субстанции простые, действительно отделенные друг от друга своими действиями и беспрерывно изменяющие свои отношения. Всякая простая субстанция или особая монада, составляющая центр и начало единства субстанции сложной (например, животного), окружена массой, состоящей из бесконечного множества других монад, слагающих собственное тело такой центральной монады...". Монады, таким образом, составляют что-то вроде колонии полипов, однако это составное образование организовано так, что более развитая монада, обладающая более отчетливыми восприятиями, как бы господствует над остальными, являясь центральной монадой, или душой живого существа.

По отношению к животному Лейбниц, как и все философы XVII в., нередко употребляет выражение "естественный автомат" или "естественная машина". Но это не значит, что он, подобно Декарту, действительно отождествляет его с машиной. По Лейбницу, естественная машина - это та, которая создана божественным Творцом, в отличие от искусственной, которая создана человеком. Естественная машина в каждой мельчайшей своей части остается машиной, и сколько бы мы ни разлагали ее, она до бесконечности будет состоять из автоматов же, так что мы никогда не доберемся до простого, мертвого материального вещества. Иначе, говоря, живое существо, по Лейбницу, состоит из живых же существ, и каждое из последних опять-таки из живых существ, и так до бесконечности.

Различие между Декартом и Лейбницем можно было бы сформулировать так: Декарт хочет вывести живое из неживого, объяснить организм, исходя из законов механики; напротив, Лейбниц - если говорить о его метафизике - стремится объяснить даже неживое, исходя из живого, и видит в механизме, так сказать, внешнюю форму проявления организма. Это не значит, конечно, что Лейбниц пытается ввести в состав механики такие понятия, как цель (энтелехия), влечение (конатус) одного тела к другому или, напротив, их взаимное отвращение. Такого рода объяснение физических явлений Лейбниц резко критикует не толькo у средневековых схоластиков, но даже и у Ньютона, упрекая его в незаконном обращении к "оккультным силам": всякое признание действия на расстоянии Лейбниц считает уступкой ненаучному подходу к природе. В самой механике Лейбниц, как мы уже говорили, исходит только из количества, формы и движения и в этом пункте не отличается от Декарта. Но "живое начало" в неорганической природе, по Лейбницу, дает себя знать в виде силы, изначально присущей всякому телу, и Лейбниц убежден, что изучение только кинематических законов природы недостаточно для ее адекватного постижения: необходимо дополнить кинематику динамикой. Это - в пределах самой физики. А в метафизике требование Лейбница "понимать неживое из живого" оборачивается уже прямой противоположностью декартовой установке. Декарт отказывал животным не только в простейших формах душевной жизни, таких, как восприятие и стремление, но отрицал у них даже наличие ощущения. Наиболее резко это представление о животном как о чисто рефлекторном механизме сформулировано у Мальбранша, который полагал, что животные не могут ни видеть цвет, ни слышать звук, ни испытывать удовольствие или боль, ибо это состояние сознания, а у животных сознания нет. Бессознательных же ощущений и восприятий картезианцы не допускали, - здесь Лейбниц как раз и открыл самый уязвимый пункт философии Декарта и его последователей.

Вот характерный пример предельной последовательности Мальбранша: "У животных нет ни разума, ни души, как обыкновенно понимается душа. Животные едят без удовольствия; они кричат не от страдания, они растут, не зная того; они ничего не желают; ничего не боятся; ничего не познают; и если они действуют таким образом, который указывает на разум, то это происходит от того, что Бог при сотворении их имел в виду сохранить их и потому образовал их тело таким образом, что они машинально, а не от боязни, избегают всего, что может уничтожить их". Таким образом, даже высшие из организмов, согласно картезианцам, не обладают ощущением. По Лейбницу, напротив, ощущением (перцепцией) обладают не только животные и растения, но и все вообще простые субстанции природы. Вот в этом смысле мы и говорим, что Лейбниц объясняет даже неживое по модели живого.

Декарт является предшественником того направления в биологии, которое впоследствии получило название эпигенеза: он рассматривает процесс возникновения организма, исходя из внешних факторов, содействующих его формированию, и не придает существенного значения наследственным предрасположениям, внутренним особенностям, которые затем развертываются во взрослом организме. И это вполне соответствует его представлению об организме как о машине, в которой, если выражаться строго, нет ничего внутреннего.