Это не значит, что Иоанн открыто выступал против чего-либо принятого в теологии; но он отстаивал мнение, что философия является равным или даже высшим авторитетом, независимым от откровения. Иоанн настаивал, что разум и откровение – это два источника истины и потому не могут противоречить друг другу; но если иной раз они по видимости противоречат друг другу, то предпочтение должно быть отдано разуму. Истинная религия, заявляет Иоанн, является и истинной философией; но и обратно – истинная философия является и истинной религией. Сочинение Иоанна дважды, в 855 и 859 годах, было осуждено церковными соборами; первый из них назвал его в своем приговоре "Скотовой бурдой".

Однако Иоанн Скот избежал наказания благодаря поддержке короля, с которым он, видимо, был на дружеской ноге. Если можно доверять сообщению Уильяма Малмсберийского, то однажды король, когда Иоанн обедал с ним, спросил: "Что отделяет Скота от скота", на что Иоанн ответил: "Только ширина обеденного стола". В 877 году король умер, и после этой даты об Иоанне ничего не известно. Некоторые полагают, что он также умер в этом году. Существуют легенды, что Альфред Великий пригласил его в Англию, что он стал аббатом Малмсбери или Ателни и был убит монахами. Однако, по-видимому, это несчастье приключилось с каким-то другим Иоанном.

Следующим трудом Иоанна был перевод с греческого из псевдо-Дионисия. Это произведение пользовалось огромной славой в период раннего средневековья. Когда св. Павел проповедовал в Афинах, то "некоторые же мужи, пристав к нему, уверовали; между ними был Дионисий Ареопагит" (Деян. 17; 34). Это все, что известно об этом человеке ныне, но в средние века о нем знали куда больше. Он совершил поездку во Францию и основал аббатство Сен-Дени; так по крайней мере уверял Гильдуин, бывший его аббатом как раз накануне прибытия Иоанна во Францию. Кроме того, Дионисию приписывали авторство важного сочинения, целью которого было примирить неоплатонизм с христианством. Дата написания этого сочинения неизвестна; это было, безусловно, до V века и после Плотина. На Востоке оно пользовалось широкой известностью и славой, но на Западе было известно лишь немногим, пока в 827 году греческий император Михаил не послал экземпляр этого сочинения Людовику Благочестивому, который передал его вышеупомянутому аббату Гильдуину. Гильдуин, полагая, что оно и в самом деле написано учеником св. Павла – мнимым основателем аббатства, сгорал от любопытства узнать, что в нем рассказывается, но никто не мог перевести его с греческого языка, пока не появился Иоанн. И Иоанн выполнил перевод, что должно было доставить ему истинную радость, ибо его собственные взгляды оказались очень близкими взглядам псевдо-Дионисия; последний начиная с этого времени оказывал значительное влияние на развитие католической философии на Западе.

В 860 году перевод Иоанна был послан папе Николаю. Папа разгневался на то, что труд опубликовали, не испросив у него предварительно разрешения, и приказал Карлу послать Иоанна в Рим, – приказ, который был пропущен мимо ушей. Что же касается содержания, и особенно учености, обнаруженной в переводе, то папе не к чему было придраться. Его библиотекарь Анастасий, блестящий знаток греческого языка, которому папа передал перевод Иоанна на заключение, пришел в изумление, что человек из далекой и варварской страны мог обладать такими глубокими познаниями в греческом языке.

Наиболее значительное сочинение Иоанна называлось (по-гречески) "О разделении природы". Книга эта представляет собой то, что в схоластические времена подпало бы под определение "реализма", то есть в ней, в соответствии с учением Платона, отстаивалось воззрение, что универсалии существуют до конкретных вещей. В понятие "природы" Иоанн включает не только сущее, но и то, что не существует. Вся природа разделяется на четыре вида: 1) творящая, но не сотворенная, 2) творящая и вместе с тем сотворенная, 3) сотворенная, но не творящая, 4) нетворящая и несотворенная. Первая природа – это очевидно, Бог. Вторая природа – (платоновские) идеи, существующие в Боге. Третья природа – вещи, существующие в пространстве и времени. Четвертая природа – неожиданно снова Бог, но уже не как творец, а как конец и цель всех вещей. Все, что обязано Богу своим возникновением, стремится вернуться к нему; таким образом, конец всех вещей совпадает с их началом. Соединительное звено между единым и многим образует логос.

В область небытия Иоанн включает различные вещи, например физические предметы, не принадлежащие к умопостигаемому миру, и грех, поскольку он означает утрату божественного образа. Поистине существует только творящая, но несотворенная природа; она является сущностью всех вещей. Бог – это начало, середина и конец вещей. Сущность Бога непознаваема ни для людей, ни даже для ангелов. В известном смысле Бог непознаваем даже для самого себя: "Бог не знает о самом себе, что он есть, так как он не есть нечто; в известном отношении он непостижим ни для Самого Себя, ни для чьего бы то ни было разума" [10].