Второй задачей было для папства подчинить Риму в церковном отношении те греческие области, которые остались после 1204 года независимыми и во главе которых стояла Никейская империя. Одним словом, вопрос об унии с греками стоял в центре всех церковных отношений XIII века.

В первое время существования Латинской империи положение папы было очень затруднительным. По договору, заключенному крестоносцами с Венецией, предусматривалось, что в случае избрания императора из франков, латинский патриарх должен быть избран из венецианского духовенства. Интересы Римской курии в договоре были оставлены в стороне, так как в нем не было сказано ни слова ни об участии папы в избрании патриарха, ни о каких-либо доходах, долженствующих идти в казну курии.

В послании первого латинского императора Балдуина к папе говорилось о «чудесном успехе» крестоносцев, о падении Константинополя, о беззаконии греков, «которые в самом Господе вызывали тошноту», о надежде в будущем совершить крестовый поход в Святую Землю и т.д. и ничего не говорилось об избрании патриарха. Когда же новый клир Св. Софии, состоявший из венецианцев, избрал в патриархи венецианца Фому Морозини, то папа, хотя и объявивший его избрание неканоническим, тем не менее вынужден был уступить и «по собственной инициативе» посвятил Фому в патриархи.

Интересен также вопрос от отношении к греческому духовенству, оставшемуся в пределах латинского государства. Известно, что много епископов и большинство низшего духовенства не покинули своих мест. В данном случае папство придерживалось примирительной политики, разрешая назначать епископов из греков в епархии с исключительно греческим населением и предоставляя льготы относительно сохранения греческого обряда при совершении таинств. Но вместе с тем папские легаты появлялись на Балканском полуострове и в Малой Азии, пытаясь склонить представителей греческого духовенства к унии.

В 1204 году папский легат предпринял первую попытку добиться согласия от греческого духовенства на признание папы главой их церкви. Переговоры проходили в Св. Софии в Константинополе, но успеха не имели. Весьма важную роль в переговорах этого времени играл Николай Месарит, впоследствии епископ Эфесский, личность и деятельность которого впервые по-настоящему оценены А. Гейзенбергом. В 1205–1206 гг. переговоры продолжились. Николай из Отранто, аббат южно-итальянского города Касоле, принимал участие в переговорах как переводчик; придерживаясь православных взглядов, он признавал, подобно всему клиру Южной Италии, примат папы и был сторонником унии. Николай из Отранто, который оставил немало поэм и прозаических сочинений, большинство из которых не опубликовано, заслуживает, как справедливо заметил А. Гейзенберг, специальной монографии. Позиция греческого клира стала более сложной, когда в 1206 году патриарх Константинопольский Иоанн Каматир умер в Болгарии, убежав туда от крестоносцев. С разрешения императора Генриха, греческий клир Латинской империи обратился к Иннокентию III за позволением избрать нового патриарха. Генрих позволил избрать патриарха при том условии, что тот признает главенство папы. Греки, однако, не хотели ни подчинения Святому Престолу, ни примирения с ним. Поэтому-то ни к чему не привел диспут, имевший место в том же 1206 году, когда во главе латинян стоял латинский патриарх Фома Морозини, а греков возглавлял Николай Месарит. Греки Латинской империи стали поворачиваться к Феодору Ласкарю. В 1208 году новый православный патриарх, Михаил Автореан, был избран в Никее. Он короновал Феодора Ласкаря императором Никеи. Это был великий момент не только для Никеи, но также и для греков Латинской империи.

Переговоры 1214 года, проходившие в Константинополе и Малой Азии при участии кардинала Пелагия, его представителей и Николая Месарита, прервались без какого-либо результата. Николай Месарит, в это время митрополит в Эфесе с титулом экзарха всей Азии, был глубоко разочарован высокомерным приемом со стороны Пелагия в Константинополе. В смысле влияния на латинское духовенство Востока Иннокентий III к концу своего понтификата одержал блестящую победу: Латеранский собор 1215 года, признаваемый западной церковью Вселенским собором, признал папу главой всех восточных латинских патриархов, то есть Константинопольского, Иерусалимского, Антиохийского, которые с этих пор находились в полном подчинении Святому Престолу.

Однако Иннокентий III был совершенно разочарован в своих надеждах, что Константинополь двинется в обещанный крестовый поход. Светские, политические и международные интересы настолько поглотили Латинскую империю, что государи ее совершенно оставили план похода в Святую Землю, так что Иннокентий III стал стремиться к проведению нового крестового похода из Европы уже не через Константинополь.

Надежды папы не были осуществлены и внешним подчинением восточной церкви Риму: для полной победы нужна была уния религиозная, подчинение духовное. А последнего ни Иннокентий III, ни его преемники добиться не могли.

Никейская империя имела своего греческого православного патриарха, который, имея местопребывание в Никее, продолжал носить титул патриарха Константинопольского.