Но сами никейцы смотрели на перенесенный к ним патриарший престол, по словам современника, как на «чужой и присоединенный», который, как они надеялись, будет со временем возвращен в Константинополь, на свое настоящее место, Иннокентий III не признавал в первом никейском государе Феодоре I Ласкаре ни императора, ни даже деспота, называя его в своем послании просто «благородным мужем Феодором Ласкарем» (nobili viro Theodoro Lascari). B этом ответном послании Ласкарю папа, не оправдывая лично насилий крестоносцев при взятии Константинополя, тем не менее ссылается на то, что латиняне явились орудием Провидения в деле наказания греков за их отрицание главенства Римской церкви и что единственно правильным с их стороны было бы теперь вполне подчиниться римскому престолу и латинскому императору. Это папское увещание успехом не увенчалось.

Весь интерес церковных отношений в Никейской империи сводится к ряду попыток в форме собеседований или переписки найти пути сближения между обеими церквями. В самой Никейской империи были люди, например, митрополит Эфесский Николай Месарит, которые склонялись к сближению и соглашению с Римской церковью, однако греческое население никогда не было склонно к принятию унии. Иоанн III Ватац особенно казался расположенным принять унию, но руководствовался он в данном случае лишь политическими интересами. Прежде всего, он был встревожен избранием храброго Жана де Бриена, бывшего короля Иерусалимского, сперва регентом, а затем и соправителем малолетнего в то время Константинопольского императора Балдуина II. Жан де Бриен, при поддержке папы, мог начать вести против империи опасную наступательную политику. Поэтому Ватац и постарался отвлечь внимание папы от Латинской империи.

В 1232 году францисканские монахи (минориты) прибыли в Никею из турецкого плена и начали переговоры с патриархом Германом II по поводу объединения церквей. Иоанн Ватац и Герман II встретили их хорошо, и минориты доставили папе Григорию IX письмо патриарха, в котором последний предлагал папе в качестве предмета для размышления объединение церквей. Григорий IX охотно отозвался на это предложение и в 1234 году послал в Никею множество своих представителей. Собор сначала собрался в Никее, затем он был перенесен в Нимфей. В обсуждении вопросов решающая роль принадлежала Никифору Влеммиду. Течение дискуссий собора 1234 года очень хорошо известно благодаря сохранившемуся подробному отчету. Переговоры однако закончились провалом, и папские легаты вынуждены были удалиться под крики собравшихся греков, которые кричали: «Вы еретики! Мы нашли вас еретиками и отлученными, мы вас, еретиков, отлученными и оставляем!» В свою очередь католические легаты кричали грекам: «Еретики вы сами!»

На Лионском соборе 1245 г., преемник Григория, папа Иннокентий IV, объявил, что он огорчен «схизмой Романии, то есть греческой церкви, которая в наши дни, всего несколько лет назад, высокомерно и безумно оторвалась и отвернулась от лона своей матери, как от мачехи». «Два государства, – писал А. Люшер, – две религии, две расы, всегда глубоко отделенные друг от друга, сохраняли в отношении друг к другу то же положение вражды и недоверия». Союз Иоанна Ватаца с Фридрихом II Гогенштауфеном еще более осложнил отношения между Никеей и папским престолом, хотя к концу царствования Фридриха переговоры между Никеей и Римом начались вновь, и имел место обмен посольствами.

Однако после смерти Фридриха, в последние годы правления Иоанна Ватаца, наступил, как казалось, решающий момент для объединения церквей. Император выставил свои условия – возвращение ему Константинополя, восстановление Константинопольского патриархата, удаление из города латинского императора и латинского клира. Иннокентий IV с этим согласился. Для восстановления единства христианского мира папа был готов пожертвовать государством, созданным крестоносцами. За возвращение столицы, Константинополя, Иоанн Ватац был готов пожертвовать независимостью греческой церкви. Обе стороны окончательно отказались от своей традиционной политики. Однако это соглашение осталось только проектом. Весьма важное письмо Никейского патриарха Иннокентию IV, написанное в 1253 г., давало греческой делегации все права для ведения с папой переговоров об унии. Однако в 1254 году умерли и Иоанн Ватац, и пала Иннокентий IV. В результате их соглашение, одна из самых важных страниц в истории переговоров об унии между Востоком и Западом, осталось только проектом, который никогда не был реализован.

Его сын и наследник Феодор II Ласкарь полагал, что будучи императором он должен руководить церковной политикой, принимать участие в делах церкви и председательствовать на церковных соборах. В соответствии с этим он не хотел иметь очень энергичного патриарха, обладающего сильной волей. По этой причине была в конце концов отвергнута кандидатура Влеммида, и Арсений за три дня был сделан из светского человека патриархом. При Феодоре II взаимоотношения Никеи с папской курией были тесно связаны с политическими целями императора.