Алексей исполнил и то и другое: указал сначала словесно, а потом письменно на своих доброжелателей и торжественно в Успенском соборе отрекся навсегда от прав на престол. Обнародованный в тот же день царский манифест подтверждал полное прощение: "И хотя он, сын наш, за такие противные поступки, особенно за это перед всем светом нанесенное нам бесчестие чрез побег свой и клеветы, на нас рассеянные, как злоречащий отца своего и сопротивляющийся государю своему, достоин был смерти, - однако мы, соболезнуя о нем отеческим сердцем, прощаем его и от всякого наказания освобождаем".<<11>>

Дело могло бы считаться конченным. Приверженцы Алексея, столь недостойно им оговоренные, были уничтожены; на него самого никто более не возлагал никаких надежд, он возбуждал только презрение. Обстоятельства его побега и возвращения были хорошо известны; когда он ехал в Россию, прежний его доброжелатель, князь Василий Владимирович Долгорукий, говорил князю Богдану Гагарину: "Слышал ты, что дурак царевич сюда идет, потому что отец посулил женить его на Афросинье? Жолв ему - не женитьба! Черт его несет! Все его обманывают нарочно".<<12>> Но Петру под влиянием непобежденной злобы мерещились серьезные опасности от несчастного Алексея; конечно, он теперь безвреден, но чего можно от него ожидать в будущем, после смерти отца? Хотя не было никакого основания для уверенности, что слабый и болезненный сын непременно переживет богатыря-отца, который был только осьмнадцатью годами старше его, но воспламененная страсть легко превращает возможное в неизбежное, чтобы сделать его причиною действительного зла. В то время как несчастный царевич униженно умолял свою мачеху содействовать его скорейшей женитьбе, дело о нем возобновляется без всякого серьезного повода с его стороны. Спешившую к нему Афросинью схватывают и подвергают допросу; узнают бабьи сплетни о разговорах и чувствах Алексея; никакого преступного действия, кроме уже прощенного бегства за границу, взвести на него невозможно. Тем не менее его арестуют и подвергают двукратной пытке. Тут великий царь почувствовал, что неограниченность его власти не избавляет его от ограничений, налагаемых человеческою немощью, и что его самодержавная совесть требует восполнения и поддержки в борьбе против превозмогающей злой страсти. Созывается знатное духовенство и светские особы. К иерархии русской Петр не чувствовал и не имел причины чувствовать большого уважения. Но он обращается к ней во имя того высшего нравственного начала, которое она представляет и на котором основывается ее авторитет. "Понеже вы ныне, - так гласило царское объявление духовенству, - уже довольно слышали о малослыханном в свете преступлении сына моего против нас, яко отца и государя своего, и хотя я довольно власти над оным по божественным и гражданским правам имею, а особливо по правам российским (которые суд между отца и детей и у партикулярных людей весьма отмещут) учинить за преступление по воле моей без совета других, - однакож боюсь Бога, дабы не погрешить, ибо натурально есть, что люди в своих делах меньше видят, нежели другие в их. Тако ж и врачи: хотя б и всех искуснее который был, то не отважится свою болезнь сам лечить, а призывает других. Подобным образом и мы сию болезнь свою вручаем вам, прося лечения оной, боясь вечныя смерти. Ежели б один сам оную лечил, иногда бы, не познав силы в своей болезни, а наипаче в том, что я, с клятвою суда Божия, письменно обещал оному своему сыну прощение и потом словесно подтвердил, ежели истинно скажет. Но хотя он сие и нарушил утайкою наиважнейших дел и особливо замыслу своего бунтовного против нас, яко родителя и государя своего, но однакож, дабы не погрешить в том, и хотя его дело не духовного, но гражданского суда есть, которому мы оное на обсуждение безпохлебное, чрез особливое объявление, ныне же предали; однакож мы, желая всякого о сем известия и воспоминая слово Божие, где увещевает в таких делах вопрошать и чина священного о законе Божий, как написано в главе 17 Второзакония, желаем и от вас, архиереев и всего духовного чина, яко учителей слова Божия, не да издадите каковый о сем декрет, но да взыщите и покажете от Св. Писания нам истинное наставление и рассуждение: какого наказания сие богомерзкое и Авессаломову прикладу уподобляющееся намерение сына нашего, по божественным заповедям и прочим Св. Писания прикладам и по законам, достойно. И то нам дать за подписанием рук своих на письме, дабы мы, из того усмотря, неотягченную совесть в сем деле имели. В чем мы на вас, яко по достоинству блюстителей божественных заповедей и верных пастырей Христова стада и доброжелательных отечествия, надеемся и судом Божиим, и священством вашим заклинаем, да без всякого лицемерства и пристрастия в том поступите".<<13>>

Это объявление духовенству есть самый важный для нас документ в этом деле. Ясно, чего хотел Петр от духовенства. Он и без того знал, чего требовала от него совесть. Но эта личная совесть нуждалась в объективной поддержке религиозного авторитета, освящающего и тем укрепляющего сознанную обязанность.