С XIV в. через южные острова на Филиппины стал проникать и ислам, причем именно проникновение ислама способствовало возникновению здесь первых очагов государственности.

Зафиксированные испанцами в XVI в. данные позволяют, хотя и фрагментарно, проследить этот процесс. На островах существовали общины-балангаи, власть в которых принадлежала старейшинам. Средний размер общины 30 – 100 семей, но были и более крупные, до 1–2 тыс. Наиболее развитые из них вели войны с соседями, причем в случае удачи вчерашний общинный старейшина становился правителем надобщинного протогосударства. Вожди такого рода вначале именовались преимущественно индийскими терминами, чаще всего раджа, иногда – дато. Терминология в данном случае является индикатором влияний.

В XV и начале XVI в., когда португальцы изгнали из Малакки султана и его родню, часть их мигрировала на восток и достигла Филиппин. На юге архипелага население стало быстро исламизироваться, а первые государственные образования принимали форму султанатов, что в это время было уже обычным для всего островного мира, включая Малайю и Индонезию. По характеру ранние султанаты были еще очень примитивными: вокруг вождя (султана), выборного либо уже наследственного, группировались социальные верхи, благородные, которые жили за счет редистрибуции дохода (ренты-налога) с общин и труда разных зависимых категорий, из числа как пленных и чужаков, так и разорившихся общинников. Вся эта форма социально-политической организации уже в 1433 г. была зафиксирована в судебнике, определявшем наказания за различные проступки в зависимости от социального статуса человека. Земля находилась в верховном владении правителя (султана, раджи, дато), выступавшего в функции субъекта власти-собственности и наделявшего землями тех, кому он считал нужным их дать. У некоторых народов под западным влиянием возникали и свои формы письменности на южноиндийской графической основе.

Экспедиция Магеллана, бросившего якорь на острове Себу в 1521 г. на пути к Молуккским островам, привела к открытию и освоению архипелега испанцами. Хотя первая попытка подчинить местных правителей и прочно обосноваться здесь была неудачной для испанцев (сам Магеллан погиб на Себу, а его победитель Лапу-Лапу до наших дней почитается как первый герой в борьбе за независимость), она не пропала даром: уже в середине XVI в. испанцы достаточно твердо чувствовали себя на архипелаге, который в 1542 г. был назван ими в честь принца Филиппа, будущего короля Филиппа II. Успешные завоевания и освоение новых выгодных районов, в частности создание порта Манила в 1570 г., привели к тому, что в конце XVI в. испанцы не только были полными хозяевами на севере и в центре архипелага, но и успешно христианизировали население захваченных ими районов. Только мусульманский юг, «страна Моро» (мавров), как называли его испанцы, оставался мятежной периферией вплоть до XIX в., да и после этого, даже в наши дни, он заметно отличается от других частей Филиппин.

Христианизированные и испанизированные части архипелага в принципе мало чем отличались от латинизированной теми же испанцами приблизительно в то же время Америки. Те же наместники короля и губернаторы провинций, опиравшиеся на аппарат чиновников и богатые слои испанских колонизаторов. Та же всесильная католическая церковь с ее неистовыми монахами-миссионерами различных орденов и в целом весьма послушная им паства. Правда, методы завоевания и поддержания порядка здесь были менее жестокими: на Филиппинах не было золота, столь разжигавшего страсти конкистадоров. А для освоения страны нужны были люди, которых следовало беречь (в XVII в. население архипелага составляло около 500 тыс. человек, из них около 1 % испанцев).

Система управления на первых порах тоже формировалась по общему для латиноамериканских колоний образцу: на Филиппинах было создано около 270 участков, переданных в энкомиенду (своего рода опека) испанским колонистам, как частным лицам из числа влиятельных землевладельцев, так и монашеским орденам либо короне. Попечитель-энкомендеро обычно собирал с вверенного его опеке населения при посредстве старост общин фиксированный налог, три-буто, и требовал от крестьян выполнения различных повинностей. Возглавляемое старейшинами-касиками население подчас бунтовало против новых порядков, но безуспешно. В начале XVII в. по настоянию католической церкви система энкомиенд была отменена и заменена сбором трибуто и иных налогов непосредственно в пользу королевской казны.

Торговля между Филиппинами и Испанией была ограниченной, зато в азиатской торговле архипелаг занимал все более заметное место, прежде всего благодаря китайским мигрантам-хуацяо, число которых все возрастало (в конце XVI в. их колония в Маниле насчитывала 10 тыс., в начале XVII в. уже 25 тыс. человек). Китайцы со временем фактически дочти монополизировали всю азиатскую торговлю, что и неудивительно: богатые испанцы были к этому делу высокомерно равнодушны, а местное население недостаточно для этого подготовлено. Следует, однако, заметить, что китайских торговцев не любили ни те, ни другие, хотя обойтись без их посредничества уже не могли.