Виджайя создал новое государство Маджапахит (1293–1520) и стал его первым правителем. С этого времени центром, политического могущества Индонезии становится Ява. Справедливости ради стоит заметить, что эта тенденция начала проявлять себя еще в XIII в., когда стала слабеть суматранская Шривиджайя. Удары со стороны южноиндийского государства Чолов подорвали ее могущество еще в XI в., а в конце XII в. ряд суматранских княжеств, бывших до того вассалами Шривиджайи, стали самостоятельными, как, например, Джамби. В XIII в. под ударами с севера, со стороны Сукотаи, и с востока, со стороны яванского правителя Кертанагары, Шривиджайя распалась. Вот в этих-то условиях значительная часть ее наследства на Суматре и попала под власть яванского Маджапахита.

Маджапахит был крупнейшим государством в истории Индонезии. Хотя некоторые специалисты сомневаются подчас в том, что его правитель реально контролировал все те земли, которые считались вассальными по отношению к нему, факт остается фактом: владения Маджапахита распространялись на всю Яву, Суматру, Калимантан, даже Сулавеси, а также на многочисленные мелкие острова архипелага. Наивысшего развития государство достигло в те годы, когда им управлял всесильный первый министр Гаджа Мада (20–60-е годы XIV в.). Этот выдающийся политический деятель не только много сделал для собирания земель, но и умело управлял обширной и весьма разнородной империей, как ее подчас именуют.

Созданный им свод законов закрепил социально-политическую организацию государства. Во главе Маджапахита стоял махараджа, личные потребности двора которого удовлетворялись за счет доходов с земель, считавшихся его доменом. Остальные территории находились под управлением наместников, чаще всего из числа родственников правителя и знатных аристократов, а реальную власть на местах осуществляли многочисленные чиновники, получавшие за это от казны служебные наделы. Основной производственной и хозяйственной единицей была община, напоминавшая индийскую, хотя и без кастового неравенства. Налоги с общинников шли в казну, и за счет редистрибуции этого дохода существовал весь аппарат власти. Немалое место в обществе занимали индуистские (прежде всего шиваиты) и буддийские жрецы и монахи. Большого развития достигла культура. Внимание уделялось архитектуре, литературе и особенно театру (театр марионеток ваянг – национальная гордость индонезийцев по сей день).

После смерти Гаджи Мады в 1364 г. Маджапахит стал понемногу клониться к упадку. Вассальные князья в разных частях обширного государства то и дело стремились освободиться от опеки центра и добиться укрепления своих владений за счет более слабых соседей. Слабеющие правители государства, нередко ведшие изнурительные войны с претендентами на их престол, заботились лишь о том, чтобы сохранить хотя бы видимость власти, для чего они нередко обращались за дипломатической поддержкой к третьим странам, в частности к минскому Китаю, чьи миссии (флот адмирала Чжэн Хэ) в начале XV в. посещали Индонезию. Вообще следует заметить, что с XV в. в городах Индонезии появляются китайские мигранты, преимущественно ремесленники и торговцы, число которых со временем все возрастало, пока они, получившие ныне сводное наименование хуацяо, не стали играть весьма заметную роль в экономике Индонезии. Правда, это случилось не сразу. До этого Индонезия подверглась натиску иноземцев другого рода. Речь об ее исламизации.

Ислам впервые появился на островах Индонезии, видимо, в XIII в., а уже на рубеже XIV – XV вв., как упоминалось, бежавший из Маджапахита яванский принц Парамешвара, воспользовавшись ослаблением власти на Яве, сумел создать в Малайе сильный султанат – первое крупное исламское государство в островном мире Юго-Восточной Азии. Исламизированные малайцы, равно как и мусульманские торговцы из числа индийцев-гуджаратцев, арабов и персов, в XV в. стали активно заселять Суматру, укрепляться на Калимантане и Яве и, главное, нести с собой ислам как новую и дававшую в руки правителей мощные рычаги власти религиозную систему. Надо сказать, что многочисленные вассалы Маджапахита сразу же ухватились за эту возможность усилить их власть – возможность, столь убедительно продемонстрированную в начале XV в. Искандер-шахом малайским. Все большее количество правителей княжеств превращались в султанов мусульманских государств, пока в 1520 г. коалиция султанатов не уничтожила Маджапахит. В стране возникло множество самостоятельных мелких государств, в основном султанатов. Их междоусобные войны в XVI в. создали своего рода политический вакуум в Индонезии, что в немалой степени облегчило португальцам задачу укрепления на островах архипелага.

В конце XVI в. на развалинах Маджапахита укрепилось ненадолго государство Бантам в западной части Явы. Этому, в частности, способствовал рост значения Зондского пролива в торговых операциях после того, как Малаккский пролив полностью попал под контроль португальцев. Бантам был крупнейшим торговым нертом, в котором проживало множество иностранных купцов, в том числе большая колония китайских мигрантов, игравших ведущую роль в торгово-ростовщических операциях.