Это вынудило Галилея предпринять путешествие, не ожидая вердикта медицинского посланника своего врага - ибо Урбан VIII был теперь его злейшим врагом. Когда Галилей прибыл, инквизиция бросила его в тюрьму и пригрозила пытками, если он не покается. Инквизиция, "взывая к святейшему имени нашего господа Иисуса-Христа и его славнейшей деве матери Марии", постановила, что Галилей не понесет наказания, следуемого за ересь, при условии, что он "с открытым сердцем и подлинной верой отречется, проклянет и отвратится от названных ошибок и ересей". Тем не менее, даже после покаяния и отречения, "мы осудим тебя на официальное заключение в тюрьме этого святого учреждения на период, который мы сами соблаговолим определить; и в качестве целебной епитимьи мы приказываем тебе в течение следующих трех лет произносить раз в неделю семь покаянных псалмов".

Насколько мягким будет приговор, зависело от того, каким будет покаяние. Галилей публично и на коленях произнес длинную формулу отречения, сочиненную инквизиторами. Он, в частности, говорил: "Я отрекаюсь, проклиная, и отвращаюсь от названных ошибок и ересей... и клянусь, что никогда более не буду произносить или утверждать ничего, что бы - на словах или в письменной форме - могло навлечь на меня подозрение в чем-либо подобном". Далее он обещал, что выдаст инквизиции любых еретиков, если обнаружит, что они считают Землю движущейся, и поклялся, держа руки на евангелии, что сам он отрекается от этого учения. Удовлетворенная тем, что интересы религии и морали были соблюдены - ведь величайшего человека эпохи заставили солгать, - инквизиция позволила Галилею провести остаток дней в тишине и покое, а не в тюрьме - однако за каждым его движением следили, и ему было запрещено видеться с семьей и друзьями. Он ослеп в 1637 году, а в 1642 году умер. В год смерти Галилея родился Ньютон.

Церковь запретила преподавание коперниканской системы во всех научных и учебных учреждениях, которые находились под ее контролем. Книги, в которых утверждалось, что Земля движется, числились в "Индексе запрещенных книг" [9] до 1835 года. Когда в 1829 году в Варшаве была воздвигнута статуя Коперника работы Торвальдсена [10] и множество людей собралось, чтобы воздать должное астроному, ни один католический священник не пришел на церемонию открытия памятника. В течение 200 лет католическая церковь упрямо отвергала общепринятую в то время среди астрономов теорию.

Не следует думать, что протестантские теологи были настроены более дружелюбно. Но по некоторым причинам их оппозиция не была такой острой, как у католиков. Ничего похожего на инквизицию в протестантских странах не было, существование различных сект затрудняло преследование, а религиозные войны создавали желательность "единого фронта". Декарт, который пришел в ужас, когда услышал об осуждении Галилея, бежал в Голландию, где, вопреки требованиям теологов, правительство придерживалось принципа религиозной терпимости. Кроме того, протестантские церкви не притязали на непогрешимость. Хотя писание считалось боговдохновенным, интерпретация его оставалась личным делом каждого, и вскоре были найдены способы объяснения нелепостей. Протестантизм возник как восстание против церковного господства и повсюду способствовал усилению светской власти в ущерб власти клира. Обладай духовенство властью, оно, конечно, попыталось бы предотвратить распространение коперниканства. Даже в 1873 году экс-президенту семинарии американских учителей-лютеран удалось издать в Сент-Луисе книгу по астрономии, в которой он утверждал, что истину следует искать в Библии, а не в астрономических трудах, и поэтому учение Коперника, Галилея, Ньютона и их последователей должно быть отвергнуто. Однако такие запоздалые протесты были простой патетикой. По всеобщему признанию, коперниканская система, не будучи последним словом науки, явилась необходимой и очень важной ступенью в развитии научного знания.

Несмотря на то что теологи после своей катастрофической "победы" над Галилеем решили впредь избегать определенных суждений по астрономическим вопросам, они по мере сил и возможности продолжали проводить обскурантистскую линию. Это можно проиллюстрировать на примере комет - вопроса, который, казалось бы, не имеет прямого отношения к религии. Однако средневековая теология, являвшаяся единой логической системой с претензией на абсолютность, не могла не иметь своего мнения почти обо всем на свете и сражалась поэтому с наукой, где только можно. В силу своего давнего происхождения теология по большей части была всего лишь организованным невежеством, которое придавало аромат святости заблуждениям, невозможным в просвещенный век. Что касается комет, то взгляды церковников опирались на два источника. С одной стороны, власть закона понималась не так, как понимаем ее мы; с другой стороны, считалось, будто все находящееся за пределами земной атмосферы должно быть вечным и неизменным.