В 1910 г. Этот цикл был назван «Шесть лекций по средневековой философии» и выпущен отдельным изданием. Книжка вызвала противоречивую реакцию. Часть рецензентов посчитала ее появление своевременным и заполнившим лакуну в отечественной популяризаторской литературе, отметив попутно значительные дидактические достоинства издания. Часть же критиков католической ориентации приняла книжку с возмущением, вменяя автору незнание предмета изложения, подтасовку фактов, ведущую к дискредитации обсуждаемых вопросов, а то и просто обвиняя автора в нападках на церковь.[44]

Философское отделение университета наделило сравнительно молодого ученого ответственными административными функциями. Так в 1900 / 1901 и 1904/ 1905 акад. годы Твардовский исполнял обязанности декана, а в 1901/1902 и 1905/1906 гг. - заместителя декана. Зимой 1908/1909 акад. года Академический Сенат поручил Твардовскому реорганизовать канцелярию Львовского университета и упорядочить записи в матрикулах студентов. Некоторое время Твардовский как обычный чиновник руководил канцелярией, приводя в идеальный порядок документацию. В 1913 г. Сенат университета за выполнение этой работы наградил Твардовского памятным перстнем.

В эти годы участие Твардовского в научной жизни общества проявилось в создании организационного комитета Педологического общества, которое возникло во Львове в 1901 г. Он входит также в состав Президиума, проходившего в октябре 1909 г. в Варшаве I съезда польских психиатров, неврологов и психологов, на котором выступил с докладом «О методе в философии». В 1909 г. Твардовский участвовал в качестве сопредседателя Организационного комитета в работе II Польского педагогического конгресса, проходившего во Львове. На съездах польских врачей и натуралистов Твардовский возглавлял философскую секцию. На одном из этих съездов возникла идея проведения Первого Польского Философского Съезда, который и прошел во Львове в 1923 г. Во главе организационного комитета съезда (и всех последующих междувоенных съездов) стоял Твардовский, который своим выступлением открыл его работу.

Стремясь поддерживать контакт с европейской наукой Твардовский принимает участие в апреле 1904 г. в съезде экспериментальной психологии, происходившем в Гессене, а во время научного отпуска при помощи финансовой поддержки правительства в том же году прибывает в Грац, где лично знакомится с А.Мейнонгом, посещает Прагу, Галле, Вюрцбург, Вроцлав, Лейпциг, Гёттинген и Париж. Везде он знакомится с психологическими лабораториями. В апреле 1910 г. Твардовский участвует в работе IV Международного Съезда экспериментальной психологии в Инсбруке, а в 1907 г. он входит в состав Польского организационного комитета Международного Конгресса психиатров, неврологов и психологов, проходившего в Амстердаме. В 1913 г. Твардовский возглавляет Польский организационный комитет IV Чрезвычайного съезда школьной гигиены, проходившего в Буффало, и становится членом его почетного президиума.[45]

Особенно ярко организаторский талант Твардовского проявился в годы I мировой войны. В июне 1914 г. Сенат университета избрал Твардовского на 1914 / 1915 акад. год ректором. Начало войны застало Твардовского в Поронине, где он обычно проводил отпуск. Поскольку во Львов вернуться уже было нельзя Твардовский вместе с семьей приезжает в Вену, где 19 сентября формально приступает к исполнению обязанностей ректора. Эту административную функцию он будет выполнять подряд три военных года, собирая в эмиграции вокруг себя профессоров и студентов. По согласованию с властями Твардовский обеспечил студентам доступ к венским учебным заведениям, возглавил «Фонд помощи студенческой молодежи», который продолжал оказывать поддержку и после возвращения эмиграции во Львов, а точнее - до 1920 г. За время своего ректорского правления из этого и иных фондов Твардовский роздал 134000 крон. Жизнь студентов в Вене протекала в «Академическом доме для слушателей высших школ из Галиции и Буковины», в котором, например, в 1915 г. пребывало 332 студента, в том числе 177 человек из Львова.

После ухода российских войск из Львова, 5.VII.1915г. Твардовский возвращается домой и приступает к возобновлению работы университета. Являясь ректором Твардовский представляет университет среди властей гражданских и военных, австрийских и польских, светских и церковных.[46]

В конце 1917 г. Твардовский последний раз как ректор председательствовал на заседании Сената, который наградил его стальным перстнем с университетским гербом и надписью внутри: «Ректору 1914-1917 годов. Сенат.». В следующем академическом году Твардовский исполнял функции проректора.

После получения Польшей независимости начался новый период деятельности Твардовского, связанный уже не только со Львовом и Галицией, но и прочими научными центрами возрожденной Польши. Влияние Твардовского возрастает, в частности благодаря занимаемым в обществе позициям его учеников. Его приглашают занять в столице высокие административные должности[47], но в одном случае он отказывает, в другом - причиной является нерешительность, в третьем - занятию таких должностей препятствуют протесты некоторых политических группировок и духовенства.